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本课程属于：048-宏基因组分析特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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多工具整合的宏基因组特征提取方法

共计 30 章节
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01
宏基因组学概述
定义 · 发展历史 · 应用领域与未来趋势
宏基因组学概述定义
02
核心数据库资源
NCBI · SRA · MGnify
核心数据库资源NCBI
03
测序技术基础
Illumina短读长与PacBio…
测序技术基础Illumina
04
实验设计与样本准备
DNA提取 · 建库策略 · 质量控制指标
实验设计样本准备
05
计算环境搭建
Conda环境 · 常用软件（FastQC · MultiQC
计算环境搭建Conda
06
原始数据质量控制
FastQC质量报告解读 · MultiQC批量汇总 · Trimmomatic/Trimmo…
原始数据质量控制FastQC
07
宿主序列去除
KneadData · bowtie2 · Kraken2去除宿主污染的原理与操…
宿主序列去除KneadData
08
宏基因组组装
MEGAHIT · metaSPAdes · IDBA-UD的比较与选择
宏基因组组装MEGAHIT
09
组装结果评估
QUAST · MetaQUAST · CheckM
组装结果评估QUAST
10
基因预测与开放阅读框识别
Prodigal · MetaGeneMark · Glimmer-MG的使用
基因预测开放阅读框识别
11
非冗余基因集构建
CD-HIT · MMseqs2 · rdp clustering的去冗余…
非冗余基因集构建CD-HIT
12
物种注释基础
Kraken2 · Bracken · Centrifuge
物种注释基础Kraken2
13
物种注释实战
Kraken2/Bracken进行读… · 输出丰度表格
物种注释实战Kraken2/Brac…
14
系统发育分析
基于GTDB或者Marker基因的P… · GToTree · Anvi'o流程
系统发育分析GTDB
15
功能注释概览
KEGG · EggNOG · COG
功能注释概览KEGG
16
功能注释工具
DIAMOND比对 · KEGG/UniProt映射 · GhostKOALA的使用
功能注释工具DIAMOND
17
基因丰度定量
Salmon · kallisto · bwa+samtools的定量与标准…
基因丰度定量Salmon
18
代谢通路重建
HUMAnN3整合物种与功能通路 · 输出层序化丰度
代谢通路重建HUMAnN3
19
抗性基因与毒力因子
SRST2 · ABRicate · ResFinder
抗性基因毒力因子
20
碳水化合物活性酶
dbCAN2 · HMMER搜索CAZyme家族
碳水化合物活性酶dbCAN2
21
宏基因组binning
MetaWRAP · MaxBin2 · MetaBAT2
binning宏基因组
22
bin结果优化
CheckM评估完整度与污染度 · 手动/自动提纯（refine）
bin结果优化
23
基因组草图注释
Prokka · PGAP · MicroScope的输入输出及格式…
基因组草图注释Prokka
24
比较基因组分析
Roary · Panaroo · PanX进行泛基因组构建与核心/附属…
比较基因组分析Roary
25
组装基因组（MAG）基于GTDB的分类
GTDB-Tk · FastTree构建进化树
MAGGTDB
26
功能富集与差异分析
STAMP · LEfSe · DESeq2（边缘化计数）比较组间差…
功能富集差异分析
27
网络分析与关联计算
SparCC · SPIEC-EASI · ggClusterNet进行物种/功…
网络分析关联计算
28
机器学习特征选择
Random Forest · XGBoost · boruta筛选关键标记
机器学习特征选择Random
29
多工具整合工作流设计
Snakemake · Nextflow构建自动化pipel… · 结合conda/singularit…
多工具整合工作流…Snakemake
30
结果可视化与报告生成
R/ggplot2 · Phinch · Krona
结果可视化报告生成