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本课程属于：048-宏基因组分析特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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基于Kraken2的特征提取实战资料

共计 30 章节
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01
Kraken2简介
什么是Kraken2？应用场景与优势
Kraken2简介
02
宏基因组分类基础
分类学层级 · k-mer原理
宏基因组分类基础分类学层级
03
环境搭建
安装Kraken2与依赖（Minic… · 手动编译）
环境搭建Kraken2
04
数据库概述
Kraken2标准数据库 · 自定义数据库
数据库概述Kraken2
05
数据库下载
使用kraken2-build下载预…
数据库下载kraken2-buil…
06
自定义数据库构建
从RefSeq或NCBI构建自定义数…
自定义数据库构建RefSeq
07
数据库管理
增删分类单元 · 数据库检查与更新
数据库管理增删分类单元
08
运行Kraken2
基本命令 · 输入文件（FASTA/FASTQ）
Kraken2运行
09
参数详解
--confidence · --minimum-hit-grou… · --memory-mapping等
参数详解confidence
10
输出格式解析
Kraken2输出格式 · 每列含义
输出格式解析Kraken2
11
结果解读
分类标签 · unclassified · 根节点
结果解读分类标签
12
使用kraken2-filter
过滤低可信度分类
kraken2-filt…使用
13
Kraken2报告
kraken2-report生成汇总…
Kraken2报告
14
报告格式分析
百分比 · reads计数 · 分类层级
报告格式分析百分比
15
特征提取概念
从分类结果提取特征用于机器学习/统计…
特征提取概念从分类结果提取特…
16
特征提取方法一
构建物种丰度矩阵（相对丰度）
特征提取方法一构建物种丰度矩阵
17
特征提取方法二
构建功能基因丰度（基于KEGG/BL…
特征提取方法二KEGG/BL
18
特征提取方法三
基于谱系层级的多分辨率特征
特征提取方法三基于谱系层级的多…
19
使用Bracken进行丰度估计
Bracken原理与使用
Bracken使用
20
结合KrakenUniq进行唯一k-mer计数。
结合KrakenUniq进行唯一k-me… · 核心概念 · 实践要点
KrakenUniqk-mer
21
Python处理Kraken2输出
读取 · 解析 · 转换为DataFrame
PythonKraken2
22
可视化一
堆叠条形图展示群落组成
可视化一堆叠条形图展示群…
23
可视化二
Heatmap展示样品间差异
可视化二Heatmap
24
可视化三
分类树状图（Krona图或iTOL）
可视化三Krona
25
差异分析
使用LEfSe或DESeq2基于丰度…
差异分析LEfSe
26
机器学习特征工程
从Kraken2特征构建分类器（随机…
机器学习特征工程Kraken2
27
实战案例一
肠道微生物组特征提取与疾病预测
实战案例一肠道微生物组特征…
28
实战案例二
环境样本中病原体检测与溯源
实战案例二环境样本
29
性能优化
多线程 · 内存管理 · SSD加速
性能优化多线程
30
总结与进阶
常见问题排查 · 社区资源 · 未来方向
进阶常见问题排查