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本课程属于：047-空间转录组特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Snakemake自动化空间转录组工作流教程

共计 30 章节
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01
空间转录组学简介
技术原理 · 应用场景 · 数据格式与挑战
空间转录组学简介技术原理
02
Snakemake工作流引擎
核心概念 · 相比Make/Snakefile的优… · 社区生态
Snakemake工作流引擎
03
安装Snakemake
使用pip/conda安装 · 验证安装 · 推荐Python环境
Snakemake安装
04
Snakefile基础语法
规则定义 · 输入输出 · shell命令
Snakefile基础语法
05
通配符与文件名模式
{sample} · {dataset}的使用 · 多文件处理
通配符文件名模式
06
配置文件与params
使用config字典 · yaml配置 · 参数传递
params配置文件
07
规则依赖与DAG可视化
run顺序 · 自动解析依赖 · dot输出
DAG规则依赖
08
运行与监控
snakemake -n dry-r… · 日志 · --report生成
运行监控
09
并行执行
--cores · 本地调度 · LSF/Slurm集群配置
并行执行cores
10
资源管理与控制
threads · memory · timeout
资源管理控制
11
环境隔离
conda环境定义 · environment.yaml · 自动创建
环境隔离conda
12
容器化
singularity/docker… · 镜像拉取 · 可重复性
容器化singularity/…
13
报告生成
snakemake --report · 自定义HTML报告 · 嵌入结果
报告生成snakemake
14
空间转录组数据预处理
fastqc · multiqc · cutadapt
空间转录组数据预…fastqc
15
空间条形码处理
STARsolo或zUMIs比对 · 条形码校正
空间条形码处理STARsolo
16
生成表达矩阵
read counts · UMI计数 · sparse矩阵格式
生成表达矩阵read
17
数据结构转换
从Snakemake到Seurat/… · 格式转换
数据结构转换Snakemake
18
集成Python脚本
使用run指令 · pandas/scipy处理中间文件
Python集成
19
集成R脚本
使用shell Rscript · renv环境管理
集成R脚本shell
20
多样本批量分析
样本列表 · 循环扩展 · wildcard constrain…
多样本批量分析样本列表
21
模块化设计
include子工作流 · Snakefile拆分 · 共享规则
模块化设计include
22
检查点（checkpoints）
动态输入 · 依赖后期决策
checkpoints检查点
23
高级分析集成
SpatialDE · SPARK · MERINGUE等工具调用
高级分析集成SpatialDE
24
云端部署
使用Genestack · Terra · Snakemake on cloud
云端部署Genestack
25
调试技巧
--debug · --verbose · 临时文件清理
调试技巧debug
26
版本控制与复用
Git管理Snakefile · workflow仓库 · doi发布
版本控制复用
27
与其他工具对比
Nextflow · WDL · CWL的异同
其他工具对比Nextflow
28
完整案例
10x Visium数据从FASTQ…
完整案例Visium
29
性能优化
缓存机制（--cache） · 指定中间结果 · 增量运行
性能优化cache
30
最佳实践总结
错误处理 · 文档编写 · 测试
最佳实践总结错误处理