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本课程属于：047-空间转录组特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Snakemake空间分析流程调试优化

共计 30 章节
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01
Snakemake简介与安装
版本选择 · conda环境搭建 · 验证安装
Snakemake简介
02
第一个Snakemake工作流
单规则Hello World · 理解Snakefile结构
Snakemake第一个
03
Snakemake规则（rule）详解
输入输出 · shell命令 · run块
Snakemakerule
04
通配符（wildcards）的使用
模式匹配 · 动态文件名 · 多重通配符
wildcards通配符
05
输入输出文件模式匹配
glob · expand · lambda函数的使用
输入输出文件模式…glob
06
配置文件（config）与环境变量
YAML/JSON配置 · 多环境切换
config配置文件
07
日志记录与调试信息
rule中的log指令 · 自定义日志格式
日志记录调试信息
08
工作流可视化（DAG图）
snakemake --dag · --rulegraph用法
DAG工作流可视化
09
并行执行与多核心调度
-j参数 · --cores · 资源限制
并行执行多核心调度
10
资源管理（内存、CPU、GPU）
resources指令 · 集群调度适配
CPUGPU
11
空间分析流程概述
单细胞空间转录组技术（10x Vis… · Slide-seq等）
空间分析流程概述Vis
12
空间转录组常见数据格式
HDF5 · barcodes · features
空间转录组常见数…HDF5
13
流程搭建第一步
数据下载与格式转换（使用Snakem…
流程搭建第一步Snakem
14
质控（QC）与过滤规则
FastQC · Trimmomatic · UMI工具集成
QC质控
15
比对（alignment）规则设计
STARsolo · minimap2 · salmon
alignment比对
16
表达矩阵生成与量化
featureCounts · alevin · STAR solo count
表达矩阵生成量化
17
空间聚类与降维规则
Seurat · scanpy · Squidpy工作流集成
空间聚类降维规则
18
特征基因识别与可视化输出
marker gene · 空间SVG · tSNE/UMAP
特征基因识别可视化输出
19
整合多个样本的批量处理
通配符循环 · config中的sample列表
整合多个样本的批…通配符循环
20
使用Snakemake管理复杂依赖
条件规则 · checkpoint · input functions
Snakemake使用
21
调试技巧
dry-run模式（-n） · 输出预览 · 单条规则测试
调试技巧dry-run
22
错误处理
捕获异常与重试机制 · --latency-wait
错误处理捕获异常
23
性能分析
基准测试（benchmark）与报告…
性能分析benchmark
24
缓存与部分运行
缓存文件规则 · --cache · storage参数
缓存部分运行
25
容器化运行
Docker/Singularity… · --use-singularity用…
容器化运行Docker/Singu…
26
集群作业提交
SLURM/SGE profile配… · --cluster参数
集群作业提交SLURM/SGE
27
版本控制与工作流复用
Snakedeploy · Snakemake模块 · Git集成
版本控制工作流复用
28
优化技巧
减少中间文件 · 合并规则 · 使用临时文件
优化技巧减少
29
常见陷阱
文件系统延迟 · 命名冲突 · 通配符歧义解决
常见陷阱文件系统延迟
30
综合案例
从头构建一个空间分析流程（质控→比对…
综合案例从头构建一个空间…