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Snakemake模型训练与报告自动化

共计 30 章节
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01
Snakemake入门
Snakemake简介 · 应用场景 · 与Makefile和Nextflow…
Snakemake简介
02
Snakefile基础
Snakefile结构 · 规则（rule）定义 · 输入输出文件
Snakefile结构
03
规则详解
输入输出声明 · shell命令执行 · params参数
规则详解输入输出声明
04
通配符与模式匹配
单通配符 · 多通配符 · glob通配
通配符模式匹配
05
配置文件
Config文件（YAML/JSON… · config字典访问 · 规则中引用配置项
配置文件Config
06
运行与调度
snakemake命令行参数（-j… · Dry-run模式 · 强制重跑（-f -R）
运行调度
07
日志与错误处理
日志输出（log指令） · Snakemake的报错信息分析 · 错误重跑机制
日志错误处理
08
环境管理
Conda环境集成（--use-co… · Singularity/Docker… · ENV指令
环境管理Conda
09
模块化与复用
include导入其他Snakefi… · subworkflow（旧版）与mo…
模块化复用
10
报告生成基础
Snakemake内置报告（--re… · 自动生成HTML报告的基本配置
报告生成基础Snakemake
11
自定义报告
使用report指令嵌入Markdo… · 图片 · 表格
自定义报告report
12
报告模板与样式
CSS自定义报告外观 · 嵌入交互式图表（Plotly等） · 添加项目logo
报告模板样式
13
数据预处理管线
常见预处理规则（fastqc · trim · bwa）
数据预处理管线fastqc
14
模型训练管线设计
Python/R脚本集成（scrip… · 参数传递 · 模型训练规则示例（scikit-le…
模型训练管线设计Python/R
15
超参数调优集成
Snakemake与Hyperopt… · 动态生成任务 · 并行调参
超参数调优集成Snakemake
16
模型评估与验证
交叉验证规则 · 评估指标计算 · 结果收集到报告
模型评估验证
17
结果可视化
自动生成图表规则（matplotli… · 将图表嵌入报告
结果可视化matplotli
18
多数据集处理
通配符跨文件夹 · 样本表设计 · 规则动态展开
多数据集处理通配符跨文件夹
19
资源管理
线程（threads） · 内存（resources） · 作业调度器（SLURM/SGE）集成
资源管理threads
20
重交付与断点续跑
--until --target · 缓存策略（cache） · 重新运行部分步骤
重交付断点续跑
21
条件执行与分支逻辑
checkpoint · input_functions · 动态规则判定
条件执行分支逻辑
22
Python辅助函数
Snakefile中编写Python… · 使用lambda定义输入 · 动态文件列表
Python辅助函数
23
多平台部署
云环境（AWS Batch / Go… · HPC集群配置示例
多平台部署AWS
24
版本控制与协作
Snakefile的Git管理 · 使用workflow wrapper…
版本控制协作
25
测试与调试
单元测试框架（snakemake-t… · 模拟运行 · 日志深入分析
测试调试
26
性能优化
规则合并 · 输入缓存 · 并行策略
性能优化规则合并
27
扩展工具
Snakemake插件（report… · 自定义收割函数 · 与Jupyter notebook集…
扩展工具Snakemake
28
实战案例
RNA-seq差异表达分析管线（从f…
实战案例RNA-seq
29
实战案例
机器学习模型训练与自动化报告（数据预…
实战案例机器学习模型训练
30
最佳实践总结
项目目录结构 · 命名规范 · 文档编写
最佳实践总结项目目录结构