VIP20

本课程属于：047-空间转录组特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

查看所属VIP全部课程 →

← 返回所属目录咨询 / 购买

Snakemake可复现预处理流程搭建

共计 30 章节

点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域

Snakemake简介与工作流概念

Snakemake是什么？工作流管理… · 与Makefile对比

Snakemake简介

安装与环境配置

通过conda或pip安装Snake… · 验证安装 · 配置Python环境

安装环境配置

Snakefile基础结构

规则 · 输入 · 输出

Snakefile基础结构

规则定义与输入输出

规则的基本语法 · input和output的多种形式 · 通配符的引入

规则定义输入输出

通配符使用

花括号通配符 · 匹配文件名 · 如何用通配符实现批量处理

通配符使用花括号通配符

参数化规则

使用params传递参数 · 结合shell命令中的变量

参数化规则params

日志与错误处理

log指令 · 错误退出后的重试 · --force参数

日志错误处理

配置文件（config.yaml）

通过配置文件定义参数 · config字典的使用

config.yaml配置文件

资源管理与线程控制

threads · resources指令 · 限制CPU和内存

资源管理线程控制

条件执行与checkpoints

checkpoints机制 · 根据中间结果动态确定后续任务

checkpoints条件执行

管道模式与报告生成

snakemake --report… · 查看执行历史和统计

管道模式报告生成

集成Conda环境

通过conda · 保证可复现

集成Singularity容器

container:指令 · 使用容器封装依赖

Singularity集成

集群执行（SLURM/SGE）

配置snakemake --clus… · 提交作业到调度系统

SLURM/SGE集群执行

并行与分布式执行

--cores · --jobs参数 · 本地并行与远程执行

并行分布式执行

模块化工作流

将大型Snakefile拆分成多个模… · 使用include

模块化工作流Snakefile

子工作流与包含

module和subworkflow… · 复用已有流程

子工作流包含

缓存与中间文件管理

--cache · --temporary等选项 · 删除中间文件节省空间

缓存间文件管理

数据追踪与版本控制

结合Git追踪Snakefile和配…

数据追踪版本控制

自定义报告模板

使用report指令生成自定义HTM… · 包含图表

自定义报告模板report

使用benchmarks

benchmark指令记录规则运行时… · 优化性能

benchmarks使用

保护与远程执行

--touch · --forcerun · 结合云存储

保护远程执行

测试与调试

dry-run · lint · 可视化依赖图

目录结构：推荐的项目目录组织 · 输入/输出/脚本分离

最佳实践目录结构

可复用规则：定义规则模板 · 使用函数生成input/output

最佳实践可复用规则

文档与注释：Snakefile注释 · README编写

最佳实践Snakefile

动态通配符 · 处理多个变量

高级动态通配符

Python函数与lambda

输入函数与输出检查

高级输入函数

RNA-seq预处理流程 · 完整搭建

综合案例RNA-seq