VIP20
本课程属于：047-空间转录组特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

Scanpy空间转录组分析从入门到实战

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
空间转录组学简介与Scanpy概述
空间转录组学简介与Scanpy概述 · 核心概念 · 实践要点
Scanpy空间转录组学简介
02
环境搭建
Python · Anaconda · Scanpy安装
环境搭建Python
03
数据格式
h5ad · Space Ranger输出及其他格…
数据格式h5ad
04
数据读取
scanpy.read_visium…
数据读取scanpy.read
05
质量控制
过滤低质量spot与基因
质量控制spot
06
标准化
总计数归一化与对数化
标准化总计数归一化
07
高变基因选择与特征筛选
高变基因选择与特征筛选 · 核心概念 · 实践要点
高变基因选择特征筛选
08
主成分分析（PCA）与降维
主成分分析（PCA）与降维 · 核心概念 · 实践要点
PCA主成分分析
09
邻域图构建与UMAP可视化
邻域图构建与UMAP可视化 · 核心概念 · 实践要点
UMAP邻域图构建
10
聚类分析
Leiden与Louvain算法
聚类分析Leiden
11
标记基因鉴定与差异表达分析
标记基因鉴定与差异表达分析 · 核心概念 · 实践要点
标记基因鉴定差异表达分析
12
空间可视化
散点图 · spot图与空间坐标映射
空间可视化散点图
13
空间模式识别
SpatialDE · Giotto等方法
空间模式识别SpatialDE
14
批次校正与数据整合
批次校正与数据整合 · 核心概念 · 实践要点
批次校正数据整合
15
细胞类型注释
手动注释与自动注释（如CellTyp…
细胞类型注释CellTyp
16
富集分析
GO · KEGG与通路注释
富集分析GO
17
空间共表达网络分析
空间共表达网络分析 · 核心概念 · 实践要点
空间共表达网络分…重点
18
空间组织域识别（Spatial Domains）
空间组织域识别（Spatial Doma… · 核心概念 · 实践要点
SpatialDomains
19
配体-受体相互作用分析
配体-受体相互作用分析 · 核心概念 · 实践要点
配体受体相互作用分析
20
空间轨迹推断与伪时间分析
空间轨迹推断与伪时间分析 · 核心概念 · 实践要点
空间轨迹推断伪时间分析
21
多模态数据整合
scRNA-seq与空间转录组联合分…
多模态数据整合scRNA-seq
22
空间转录组与病理区域关联分析
空间转录组与病理区域关联分析 · 核心概念 · 实践要点
空间转录组病理区域关联分析
23
实战案例一
乳腺癌空间转录组全流程分析
实战案例一乳腺癌空间转录组…
24
实战案例二
小鼠脑组织空间转录组分析
实战案例二小鼠脑组织空间转…
25
实战案例三
肿瘤微环境（TME）空间解析
实战案例三TME
26
结果解释与生物学发现撰写
结果解释与生物学发现撰写 · 核心概念 · 实践要点
结果解释生物学发现撰写
27
可视化美化
自定义配色 · 布局与出版级图像
可视化美化自定义配色
28
常见错误与调试技巧
常见错误与调试技巧 · 核心概念 · 实践要点
常见错误调试技巧
29
性能优化与大数据处理策略
性能优化与大数据处理策略 · 核心概念 · 实践要点
性能优化大数据处理策略
30
课程总结与进阶资源推荐
课程总结与进阶资源推荐 · 核心概念 · 实践要点
课程总结进阶资源推荐