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Nextflow工作流在RNA-seq分析中的使用教程

共计 30 章节
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01
Nextflow简介与安装
Nextflow背景 · RNA-seq分析中的角色 · 安装方式（conda/pip/官网二…
Nextflow简介
02
RNA-seq分析概述
常见流程步骤 · 原始数据格式 · 质量控制
RNA-seq分析概述
03
Nextflow核心概念
进程（process） · 通道（channel） · 工作流（workflow）的定义与关…
Nextflow核心概念
04
第一个Nextflow脚本
Hello World示例 · 运行方式 · 日志输出结构
Nextflow第一个
05
Nextflow DSL2语法
模块化定义 · include语句 · 命名空间管理
NextflowDSL2
06
通道（Channel）详解
value通道 · file通道 · queue通道
Channel通道
07
进程（Process）定义与执行
脚本块 · 输入声明 · 输出声明
Process进程
08
输入与输出声明
path · val · stdin
输入输出声明
09
条件分支与错误处理
when条件 · errorStrategy策略 · 动态资源调整
条件分支错误处理
10
工作流参数与配置文件
params作用 · nextflow.config写法 · 参数优先级
工作流参数配置文件
11
使用容器（Docker/Singularity）
container指令 · Dockerfile编写 · 镜像拉取与缓存
Docker/Singu…使用容器
12
任务资源管理
CPU · 内存 · 时间请求
任务资源管理CPU
13
流程监控与日志
运行日志 · trace报告 · timeline报告
流程监控日志
14
常用RNA-seq工具集成
FastQC质量评估 · MultiQC汇总
RNA-seq常用
15
常用RNA-seq工具集成
Trimmomatic/TrimGa…
RNA-seq常用
16
常用RNA-seq工具集成
STAR比对器 · 索引构建 · 双端比对
RNA-seq常用
17
常用RNA-seq工具集成
featureCounts基因计数
RNA-seq常用
18
常用RNA-seq工具集成
Salmon/Kallisto无比对…
RNA-seq常用
19
常用RNA-seq工具集成
DESeq2差异表达分析（R脚本调用…
RNA-seq常用
20
构建完整的工作流
从原始fastq到表达矩阵的完整pi…
构建完整的工作流fastq
21
模块化设计
将流程拆分为可复用模块（fastqc… · trim · align
模块化设计fastqc
22
参数配置文件与样本表
CSV/YAML样本定义 · metadata传递
参数配置文件样本表
23
工作流运行与提交
本地运行 · 提交到集群 · resume断点续传
工作流运行提交
24
使用Nextflow Tower监控
注册项目 · 运行管理 · 资源监控
NextflowTower
25
缓存与中间结果管理
.nextflow缓存机制 · work目录清理 · -resume原理
缓存间结果管理
26
工作流测试与调试
stub-run · dry-run · 单元测试（nf-test）
工作流测试调试
27
性能优化与并行策略
任务粒度调整 · 数据分区 · 动态资源分配
性能优化并行策略
28
与Conda环境集成
使用conda指令 · environment.yml管理依…
Conda环境集成
29
发布与共享工作流
nf-core模板 · GitHub仓库 · zenodo归档
发布共享工作流
30
实战项目
构建一个端到端的RNA-seq分析管… · 涵盖原始数据到差异基因列表
实战项目RNA-seq