VIP20
本课程属于：046-RNA-seq表达分析特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

DESeq2差异表达数据建模与结果检验

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
转录组学与差异表达分析概述
转录组学与差异表达分析概述 · 核心概念 · 实践要点
转录组学差异表达分析概述
02
RNA-seq技术原理与数据特性
RNA-seq技术原理与数据特性 · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq技术原理
03
差异表达分析的统计基础
假设检验与多重检验校正
差异表达分析的统…假设检验
04
DESeq2简介与安装（R包安装、依赖）
DESeq2简介与安装（R包安装、依赖） · 核心概念 · 实践要点
DESeq2简介
05
输入数据准备
count矩阵与样本信息表
输入数据准备count
06
实验设计与比较组设置
实验设计与比较组设置 · 核心概念 · 实践要点
实验设计比较组设置
07
DESeq2数据集对象构建（DESeqDataSet）
DESeq2数据集对象构建（DESeqD… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2DESeqDataSet
08
差异分析核心步骤
DESeq()函数
差异分析核心步骤DESeq
09
结果提取与排序
results()函数
结果提取排序
10
差异基因筛选
p值 · padj · log2FoldChange阈值
差异基因筛选p值
11
结果的统计解读
log2 fold change · p值 · padj含义
结果的统计解读log2
12
可视化基础
MA图与火山图
可视化基础MA
13
绘制MA图（plotMA）
绘制MA图（plotMA） · 核心概念 · 实践要点
MAplotMA
14
绘制火山图（自定义ggplot2）
绘制火山图（自定义ggplot2） · 核心概念 · 实践要点
ggplot2绘制火山图
15
热图绘制
差异基因表达热图（pheatmap）
热图绘制pheatmap
16
聚类分析
样本与基因层级聚类
聚类分析样本
17
标准化与归一化
size factor与normal…
标准化归一化
18
数据探索
PCA图（vst变换与plotPCA…
数据探索PCA
19
批次效应检测与处理（sva包、RUVseq等简介）
批次效应检测与处理（sva包 · 核心概念 · 实践要点
svaRUVseq
20
多因素设计与交互效应分析
多因素设计与交互效应分析 · 核心概念 · 实践要点
多因素设计交互效应分析
21
时间序列分析
似然比检验（LRT）
时间序列分析LRT
22
低表达基因过滤
pre-filtering策略
低表达基因过滤pre-filterin…
23
结果解读
上下调基因 · 功能富集分析准备
结果解读上下调基因
24
导出结果
CSV文件 · Excel格式
导出结果CSV
25
结果报告
Markdown/R Markdow…
结果报告Markdown/R
26
常见问题与调试
错误信息 · 内存不足 · 设计矩阵问题
常见问题调试
27
实战案例1
两组比较（处理vs对照）
实战案例1vs
28
实战案例2
多组比较与成对比较
实战案例2多组比较
29
实战案例3
含协变量的差异分析
实战案例3含协变量的差异分…
30
课程总结与实践建议
课程总结与实践建议 · 核心概念 · 实践要点
课程总结实践建议