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本课程属于：046-RNA-seq表达分析特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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用Nextflow实现可重复RNA-seq分析指南

共计 30 章节
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01
RNA-seq与可重复性挑战
介绍RNA-seq实验设计 · 数据特点 · 可重复性的重要性
RNA-seq可重复性挑战
02
Nextflow简介与安装
Nextflow核心概念 · 安装方式（conda/pip/doc… · 验证安装
Nextflow简介
03
配置运行环境
使用Conda · Docker · Singularity管理软件依赖
配置运行环境Conda
04
第一个Nextflow脚本
Hello World示例 · 理解process · workflow
Nextflow第一个
05
进程与通道基础
process定义 · 输入输出声明 · 通道创建与连接
进程通道基础
06
通道操作符
filter · map · groupTuple
通道操作符filter
07
读取FASTQ文件
使用fromFilePairs处理双…
FASTQ读取
08
质量控制
FastQC进程实现 · QC报告收集
质量控制FastQC
09
剪接适配器
使用Cutadapt或Trimmom…
剪接适配器Cutadapt
10
比对
STAR比对器配置 · 索引生成 · 比对参数
比对STAR
11
比对后处理
使用samtools sort · index进行BAM排序
比对后处理samtools
12
定量
使用featureCounts进行基…
定量featureCount…
13
整合完整流程
串联QC · 修剪 · 比对
整合完整流程QC
14
参数化分析
使用params定义样本信息 · 参考基因组路径
参数化分析params
15
使用nextflow.config
配置默认参数 · 环境 · 资源要求
nextflow.con…使用
16
资源管理
设置内存 · CPU核心 · 队列调度
资源管理设置内存
17
错误处理与重试
errorStrategy · maxRetries · catch过程
错误处理重试
18
模块化设计
将流程拆分为模块（modules） · 提高复用性
模块化设计modules
19
使用nf-core/rnaseq
官方最佳实践流程介绍与快速启动
nf-core/rnas…使用
20
自定义模块
编写自己的模块并集成到现有流程中
自定义模块编写自己的模块并…
21
并行执行
利用进程标签（label）和资源分配…
并行执行label
22
云平台集成
配置AWS Batch · Google Cloud Life…
云平台集成AWS
23
数据管理与版本控制
使用Git · GitHub管理流程代码
数据管理版本控制
24
可重复性报告
MultiQC集成生成综合质量报告
可重复性报告MultiQC
25
测试与调试
使用profile · -resume · -dump-channels定位问题
测试调试
26
发布与分享
打包流程 · 使用Docker镜像 · 发布到nf-core社区
发布分享
27
案例研究
实战一个完整的小鼠RNA-seq差异…
案例研究RNA-seq
28
常见问题与陷阱
路径问题 · 版本冲突 · 资源不足等解决方案
常见问题陷阱
29
最佳实践总结
命名规范 · 文档编写 · 结果可复现性检查清单
最佳实践总结命名规范
30
未来展望
Nextflow生态（wave · fusion · tower）与新兴技术
未来展望Nextflow