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本课程属于：046-RNA-seq表达分析特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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从原始数据到特征矩阵：RNA-seq全流程教程

共计 30 章节
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01
RNA-seq技术概述与应用场景
RNA-seq技术概述与应用场景 · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq技术概述
02
实验设计原则
生物学重复 · 批次设计
实验设计原则生物学重复
03
测序数据格式详解
FASTQ文件结构
测序数据格式详解FASTQ
04
数据质量评估
FastQC软件使用与解读
数据质量评估FastQC
05
质量控制实战
Trimmomatic/cutada…
质量控制实战Trimmomatic/…
06
参考基因组与注释文件
Ensembl/UCSC下载与格式
参考基因组注释文件
07
构建比对索引
STAR与HISAT2索引构建
构建比对索引STAR
08
序列比对
STAR参数设置与运行
序列比对STAR
09
比对后处理
SAMtools排序 · 索引与统计
比对后处理SAMtools
10
基因定量方法概述
基于基因与基于转录本
基因定量方法概述基于基因
11
基于基因的定量
featureCounts的使用
基于基因的定量featureCount…
12
基于转录本的定量
Salmon/Sailfish无比对…
基于转录本的定量Salmon/Sailf…
13
表达矩阵构建
合并样本生成counts表
表达矩阵构建counts
14
表达量归一化
TPM · FPKM · RPKM计算与区别
表达量归一化TPM
15
批次效应检测与矫正
PCA分析 · ComBat
批次效应检测矫正
16
差异表达分析基础
假设检验与p-value校正
差异表达分析基础p-value
17
DESeq2差异表达分析完整流程
DESeq2差异表达分析完整流程 · 核心概念 · 实践要点
DESeq2差异表达分析完整…
18
edgeR差异表达分析完整流程
edgeR差异表达分析完整流程 · 核心概念 · 实践要点
edgeR差异表达分析完整…
19
结果可视化
火山图 · MA图 · 热图绘制
结果可视化火山图
20
基因功能富集分析
GO数据库与在线工具
基因功能富集分析GO
21
通路富集分析
KEGG数据库与通路可视化
通路富集分析KEGG
22
GSEA基因集富集分析原理与实践
GSEA基因集富集分析原理与实践 · 核心概念 · 实践要点
GSEA基因集富集分析原…
23
多组比较与交互效应分析
多组比较与交互效应分析 · 核心概念 · 实践要点
多组比较交互效应分析
24
时间序列RNA-seq数据分析方法
时间序列RNA-seq数据分析方法 · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq时间序列
25
可变剪接分析
rMATS软件使用
可变剪接分析rMATS
26
融合基因检测
STAR-Fusion工具
融合基因检测STAR-Fusion
27
单细胞RNA-seq入门简介
单细胞RNA-seq入门简介 · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq单细胞
28
批量RNA-seq与单细胞RNA-seq对比与选择
批量RNA-seq与单细胞RNA-seq… · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq批量
29
分析报告生成
Markdown与R Markdow…
分析报告生成Markdown
30
完整流程实战
从原始FASTQ到特征矩阵全流程
完整流程实战FASTQ