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Snakemake自动化流程实战

共计 30 章节
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01
Snakemake简介
什么是Snakemake · 与其他工作流管理器的对比 · 应用场景
Snakemake简介
02
安装Snakemake
环境要求 · 使用conda/pip安装 · 验证安装
Snakemake安装
03
第一个Snakemake流程
编写简单的Snakefile · 运行流程
Snakemake第一个
04
Snakefile基本结构
规则 · 输入 · 输出
Snakefile基本结构
05
规则与依赖
定义规则 · 理解规则间的依赖关系
规则依赖
06
通配符（Wildcards）
使用通配符实现批量输入输出
Wildcards通配符
07
输入函数与输出模式
动态生成输入列表 · glob模式
输入函数输出模式
08
参数与配置
在Snakefile中使用confi… · 读取YAML/JSON配置
参数配置
09
使用Conda环境
为每个规则指定conda环境 · 创建environment.yaml
Conda使用
10
使用容器（Singularity/Docker）
在规则中指定容器镜像 · 提高可重复性
Singularity/…使用容器
11
日志与工作目录
设置日志文件 · 管理工作目录
日志工作目录
12
运行模式
本地执行 · 提交到集群（SLURM · SGE等）
运行模式本地执行
13
集群配置文件
配置集群提交参数 · 使用--cluster
集群配置文件配置集群提交参数
14
资源管理
指定CPU · 内存 · 时间等资源需求
资源管理CPU
15
基准测试与性能优化
使用benchmark · 并行执行 · 线程控制
基准测试性能优化
16
报告生成
使用snakemake --repo…
报告生成snakemake
17
检查点（Checkpoints）
动态确定后续规则 · 处理不确定数量的输出
Checkpoints检查点
18
子工作流（Subworkflows）
模块化组织大型项目
Subworkflows子工作流
19
规则修饰符
shadow · group · priority等
规则修饰符shadow
20
处理错误与重试
错误处理 · 忽略失败 · 重试机制
处理错误重试
21
与Snakemake的集成工具
使用pandas · numpy等Python函数扩展
Snakemake的集成工具
22
自定义Python函数
在rules中使用run块 · 编写Python脚本
Python自定义
23
将Snakemake与Git版本控制结合
最佳实践
SnakemakeGit
24
测试Snakemake流程
单元测试 · 集成测试 · 使用snakemake --lint
Snakemake测试
25
部署Snakemake流程
发布到GitHub · 使用CI/CD · 可重复性
Snakemake部署
26
实际案例1
RNA-seq数据分析流程（从fas…
实际案例1RNA-seq
27
实际案例2
ChIP-seq数据处理流程（pea…
实际案例2ChIP-seq
28
实际案例3
基因组组装与注释流程
实际案例3基因组组装
29
性能调优
缓存 · 文件系统优化 · 工作流调度
性能调优缓存
30
Snakemake生态
Snakemake-wrappers · Snakemake-rules · 社区资源
Snakemake生态