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Snakemake质控工坊实操

共计 30 章节

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Snakemake简介

工作流管理工具的概念 · Snakemake的设计哲学 · 与传统shell脚本的对比

Snakemake简介

安装Snakemake

环境准备 · Conda/Mamba安装 · pip安装

Snakemake安装

第一个Snakefile

规则的基本结构 · 输入输出定义 · 执行snakemake命令

Snakefile第一个

规则执行与日志

snakemake命令行参数 · 日志输出 · --dry-run预览

规则执行日志

通配符详解

通配符匹配规则 · 常见通配符模式 · 多文件输入输出

通配符详解通配符匹配规则

输入输出文件模式

指定文件路径 · glob模式 · 函数生成文件列表

输入输出文件模式指定文件路径

params定义参数 · threads设置线程 · resources申请内存

规则参数params

多规则工作流

规则依赖 · 规则顺序 · 全部规则运行（all规则）

多规则工作流规则依赖

YAML/JSON配置文件 · 在Snakefile中读取confi… · 参数化运行

配置文件YAML/JSON

条件规则与分支

if/else判断 · choose参数 · 不同处理路径

条件规则分支

循环与批量处理

expand函数 · 列表遍历 · 并行规则生成

循环批量处理

错误处理与日志记录

shell命令错误捕获 · 日志文件 · 错误重试

错误处理日志记录

Conda环境管理

创建环境 · 在规则中指定conda环境 · 环境复用

Conda环境管理

Singularity/Docker… · 容器内运行规则 · 镜像下载缓存

容器支持Singularity/…

模块化Snakefile

include语句 · subworkflow · 模块重用

Snakefile模块化

质控（QC）基础

NGS质控常用指标 · FastQC功能 · MultiQC概述

Snakemake质控工作流设计

标准质控流程 · 输入原始数据格式

Snakemake质控工作流设计

编写FastQC规则

调用FastQC · 输出文件夹组织 · 指定线程

编写MultiQC汇总规则

收集多个FastQC结果 · 生成汇总报告

整合trimmomatic/cutadapt规则

接头去除 · 质量修剪 · 参数配置

trimmomatic/…整合

质控工作流参数化

通过config配置参数 · 支持不同测序平台

质控工作流参数化config

大规模样本处理

样本列表CSV文件 · expand批量处理 · 并行调度

大规模样本处理CSV

资源限制与集群调度

--cluster参数 · SLURM · PBS配置示例

资源限制集群调度

生成HTML报告

snakemake --report… · 自定义报告模板

--debug · --verbose · 逐规则检查

调试技巧debug

重用规则库

Snakemake规则仓库 · 社区常用模块

重用规则库Snakemake

版本控制与可重复性

Snakefile版本管理 · 锁定软件版本 · 环境导出

版本控制可重复性

目录结构设计 · 命名规范 · README文档

最佳实践目录结构设计

checkpoints · 动态输入 · 模板引擎

进阶功能checkpoints

完整质控工坊实战

从原始FASTQ到质控报告的全流程实…

完整质控工坊实战FASTQ