VIP20
本课程属于：038-药物知识图谱批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

Snakemake批次质控流程操作指南

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
Snakemake简介
什么是Snakemake？为什么用于…
Snakemake简介
02
安装与配置
Snakemake及其依赖（Pyth… · Conda/Mamba）安装
安装配置
03
Snakemake基础语法
规则（rule） · 输入输出（input/output） · 通配符（wildcards）
Snakemake基础语法
04
Snakefile文件结构
全局参数 · 规则定义 · 包含文件
Snakefile文件结构
05
批次质控概述
常见质控工具（FastQC · MultiQC · Trimmomatic
批次质控概述FastQC
06
FastQC规则实现
编写第一个Snakemake规则——…
FastQC规则实现
07
通配符高级用法
多样本批次处理（{sample} · {run}等）
通配符高级用法sample
08
MultiQC聚合报告
将多个FastQC报告合并为一份HT…
MultiQC聚合报告
09
规则依赖与执行顺序
Snakemake自动解析DAG图
规则依赖执行顺序
10
参数传递
使用params · log · benchmark等字段
参数传递params
11
配置文件（config.yaml）
集中管理样本列表 · 参数等
config.yaml配置文件
12
使用Conda环境管理软件依赖
环境配置文件environment.…
Conda使用
13
规则中的资源分配
threads · mem_mb · disk_mb等
规则资源分配
14
执行与调试
snakemake命令参数（-n · --cores · --dry-run等）
执行调试
15
日志与错误处理
规则失败时如何调试和恢复
日志错误处理
16
批量质控过滤
使用Trimmomatic或fast…
批量质控过滤Trimmomatic
17
并行执行策略
集群/云上提交（SLURM · SGE等）
并行执行策略SLURM
18
结果目录组织
合理规划输出目录结构
结果目录组织合理规划输出目录…
19
规则中的函数与辅助脚本
Python脚本集成
规则函数
20
动态输入
使用glob或expand函数生成文…
动态输入glob
21
条件性规则
根据配置跳过某些步骤
条件性规则根据配置跳过某些…
22
缓存与中间文件清理
temp()和protected()
缓存间文件清理
23
质控报告可视化
集成MultiQC · 自定义报告
质控报告可视化MultiQC
24
完整工作流示例
从原始数据到质控报告的端到端Snak…
完整工作流示例Snak
25
版本控制与可重复性
Snakefile · 环境 · 配置的统一管理
版本控制可重复性
26
测试与单元测试
使用snakemake的--test…
测试单元测试
27
性能优化
减少不必要的文件生成 · 合理设置资源
性能优化减少不必要的文件…
28
与其他工具集成
对接SRA Toolkit · bwa · samtools等
其他工具集成SRA
29
常见错误与解决方案
路径问题 · 通配符不匹配 · 文件缺失等
常见错误解决方案
30
最佳实践与扩展
从单机到集群 · 从质控到完整分析流程
最佳实践扩展