VIP20
本课程属于：038-药物知识图谱批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

Snakemake可复现流水线教程

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
Snakemake简介
工作流概念 · Snakemake的作用 · 适用场景
Snakemake简介
02
Snakemake安装
操作系统支持 · 使用conda安装 · 源码安装
Snakemake安装
03
Snakemake基础
规则定义 · 输入输出 · 目标规则
Snakemake规则定义
04
Snakemake执行
snakemake命令 · dry-run模式 · 生成依赖图
Snakemake执行
05
通配符
通配符语法 · 文件模式匹配 · 通配符约束
通配符通配符语法
06
配置文件
YAML配置文件 · 在规则中引用配置 · 默认值
配置文件YAML
07
多个规则
规则依赖 · 中间文件 · 输出目录管理
多个规则规则依赖
08
参数化
使用params · benchmark装饰器 · 运行时变量
参数化params
09
资源管理
threads · mem_mb · disk_mb等资源声明
资源管理threads
10
日志与标准输出
log指令 · stderr重定向 · 日志文件
日志标准输出
11
条件执行
if/else逻辑 · input_function · 条件规则
条件执行if/else
12
检查点
checkpoint概念 · 临时文件 · 与通配符结合
检查点checkpoint
13
子工作流
subworkflow定义 · 模块化设计 · 复用规则
子工作流subworkflow
14
环境管理
Conda环境定义 · environment指令 · 自动创建
环境管理Conda
15
容器支持
Singularity/Docker… · pull指令 · 容器内执行
容器支持Singularity/…
16
集群执行
集群配置文件 · SLURM提交 · 作业依赖
集群执行集群配置文件
17
云执行
AWS Batch配置 · Google Cloud Life… · 成本控制
云执行AWS
18
报告生成
snakemake --report · 内置报告模板 · 自定义样式
报告生成snakemake
19
缓存与重运行
--cache · --rerun-incomplete · 内容追踪
缓存重运行
20
规则缓存
rule caching · 输入文件hash · 加速重复运行
规则缓存rule
21
参数空间扫描
scatter/gather · benchmark文件 · 并行参数扫描
参数空间扫描scatter/gath…
22
调试技巧
--debug · --verbose · 可视化依赖图
调试技巧debug
23
测试与验证
单元测试 · dry-run验证 · 回归测试
测试验证
24
项目结构
推荐目录布局 · 组织规则 · 命名规范
项目结构推荐目录布局
25
版本控制
与git配合 · .snakemakeignore · 工作流版本标签
版本控制git
26
与Jupyter集成
snakemake-jupyter · 交互式开发 · 参数探索
Jupyter集成
27
最佳实践
编写可读规则 · 避免硬编码 · 使用函数
最佳实践编写可读规则
28
性能优化
并行策略 · 资源调度 · I/O效率
性能优化并行策略
29
高级话题
R环境中使用 · 自定义Python函数 · 扩展规则
高级话题R环境
30
实战案例
构建一个完整的RNA-seq分析流水…
实战案例RNA-seq