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ComBat处理ADMET批次效应与校正效果验证

共计 30 章节
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01
课程介绍
ADMET数据与批次效应概述
课程介绍ADMET
02
批次效应产生的原因与影响
批次效应产生的原因与影响 · 核心概念 · 实践要点
批次效应产生的原…影响
03
ADMET数据预处理
缺失值处理与标准化
ADMET数据预处理
04
常用批次校正方法简介（ComBat、Limma、RUV等）
常用批次校正方法简介（ComBat · 核心概念 · 实践要点
ComBatLimma
05
ComBat算法原理详解
ComBat算法原理详解 · 核心概念 · 实践要点
ComBat算法原理详解
06
ComBat的数学推导与参数估计
ComBat的数学推导与参数估计 · 核心概念 · 实践要点
ComBat的数学推导
07
ComBat的变体
ComBat-Seq · ComBat-GAM等
ComBat的变体
08
ComBat在R中的实现
sva包的使用
ComBatR
09
ComBat在Python中的实现
pycombat库
ComBatPython
10
安装与配置ComBat所需环境（R/Python）
安装与配置ComBat所需环境（R/Py… · 核心概念 · 实践要点
ComBatR/Python
11
ADMET数据集示例
描述与获取
ADMET数据集示例
12
数据加载与探索性分析
数据加载与探索性分析 · 核心概念 · 实践要点
数据加载探索性分析
13
可视化批次效应（PCA、t-SNE、箱线图）
可视化批次效应（PCA · 核心概念 · 实践要点
PCAt-SNE
14
单批次校正
ComBat的简单应用
单批次校正ComBat
15
多批次校正
处理多个实验批次
多批次校正处理多个实验批次
16
ComBat参数调整
prior.plots · mod · mean.only等
ComBat参数调整
17
协变量调整
利用mod参数纳入生物学变量
协变量调整mod
18
校正后效果评估指标（方差分解、批次相关性）
校正后效果评估指标（方差分解 · 核心概念 · 实践要点
校正后效果评估指…方差分解
19
校正前后的统计检验对比
校正前后的统计检验对比 · 核心概念 · 实践要点
校正前后的统计检…重点
20
案例分析1
ADMET毒性数据校正
案例分析1ADMET
21
案例分析2
ADMET吸收数据校正
案例分析2ADMET
22
案例分析3
代谢稳定性数据校正
案例分析3代谢稳定性数据校…
23
结果解释与生物学意义验证
结果解释与生物学意义验证 · 核心概念 · 实践要点
结果解释生物学意义验证
24
ComBat的局限性与注意事项
ComBat的局限性与注意事项 · 核心概念 · 实践要点
ComBat的局限性
25
与其他方法（Harmony、limma）的比较
与其他方法（Harmony · 核心概念 · 实践要点
Harmonylimma
26
批次数量对校正效果的影响与分析
批次数量对校正效果的影响与分析 · 核心概念 · 实践要点
批次数量对校正效…分析
27
高通量ADMET数据的并行计算策略
高通量ADMET数据的并行计算策略 · 核心概念 · 实践要点
ADMET高通量
28
自动化流程构建
Snakemake/Nextflow…
自动化流程构建Snakemake/Ne…
29
实战
从原始数据到校正后数据集全流程
从原始数据到校正…重点
30
总结与展望
ComBat校正的未来发展方向
ComBat校正的未来发展方…