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生信多批次质控流程与批次效应校正

共计 30 章节
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01
生信批次质控概述
批次效应的定义 · 来源与对分析结果的影响
生信批次质控概述批次效应的定义
02
测序数据格式基础
FASTQ · BAM · SAM
测序数据格式基础FASTQ
03
单样本质量评估工具
FastQC安装 · 运行及解读质量报告
单样本质量评估工…FastQC
04
多样本批量质控的必要性
手工质控的局限 · 自动化批处理的优势
多样本批量质控的…手工质控的局限
05
批量质控流程设计
工作流管理系统（Nextflow /…
批量质控流程设计Nextflow
06
可重复性环境搭建
conda环境 · Docker · Singularity配置
可重复性环境搭建conda
07
原始数据批量清洗
Trimmomatic与cutada…
原始数据批量清洗Trimmomatic
08
批量比对与定量
STAR · kallisto · salmon的批量运行策略
批量比对定量
09
表达矩阵批量生成
featureCounts与txim…
表达矩阵批量生成featureCount…
10
表达矩阵质量评估
样本相关性热图 · 离群样本检测（PCA）
表达矩阵质量评估样本相关性热图
11
批次效应可视化
根据批次着色绘制PCA · UMAP · t-SNE图
批次效应可视化PCA
12
批次效应矫正方法一
ComBat与limma的remov…
批次效应矫正方法…ComBat
13
批次效应矫正方法二
Harmony的集成与参数调优
批次效应矫正方法…Harmony
14
批次效应矫正方法三
Seurat CCA与scVI（单细…
批次效应矫正方法…Seurat
15
批次效应评估指标
ASW · kBET · LISI的计算与解读
批次效应评估指标ASW
16
综合质量报告生成
MultiQC整合多种工具报表
综合质量报告生成MultiQC
17
批量脚本编写基础
Bash循环与Python的os.s…
批量脚本编写基础Bash
18
并行计算与资源管理
SLURM · SGE作业提交脚本编写
并行计算资源管理
19
日志记录与错误处理
健壮的批量脚本设计（try/exce… · 日志文件）
日志记录错误处理
20
实战案例一
RNA-seq批量质控与批次矫正（F…
实战案例一RNA-seq
21
实战案例二
scRNA-seq批量整合与批次去除…
实战案例二scRNA-seq
22
实战案例三
ChIP-seq批量peak cal…
实战案例三ChIP-seq
23
实战案例四
ATAC-seq批量质控与整合（Ar…
实战案例四ATAC-seq
24
实战案例五
宏基因组批量质控与批次效应（Krak…
实战案例五Krak
25
批量质控常见陷阱
假阳性 · 过度矫正 · 计算资源瓶颈
批量质控常见陷阱假阳性
26
自动化流程构建
用Nextflow编写完整批质控pi…
自动化流程构建Nextflow
27
结果验证与下游分析影响
矫正前后差异基因检测对比
结果验证下游分析影响
28
项目报告与可视化
使用RMarkdown / Quar…
项目报告可视化
29
动手实践
从GEO下载数据 · 运行完整批量质控流程
动手实践GEO
30
总结与进阶
批次质控新技术（深度学习方法）与学习…
进阶批次质控新技术