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MaxQuant批次定量参数优化与一致性评估

共计 30 章节
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01
MaxQuant简介
软件架构 · 版本演进 · 适用场景与局限性
MaxQuant简介
02
批次效应概述
什么是批次效应 · 为什么在多批次实验中严重 · 常见来源分析
批次效应概述什么是批次效应
03
MaxQuant参数体系总览
全局参数 · 组特定参数 · 对照参数的关系
MaxQuant参数体系总览
04
原始文件准备
多批次RAW文件命名规范 · 文件夹组织 · 实验分组设计
原始文件准备RAW
05
实验设计与分组
在experimentalDesig… · 条件 · 对照
实验设计分组
06
参数文件结构
mqpar.xml的基本组成 · 修改方式 · 备份与版本管理
参数文件结构mqpar.xml
07
酶切与可变修饰设置
Trypsin/P · 可变修饰种类 · 对跨批次一致性的影响
酶切可变修饰设置
08
First Search与Main Search
First Search容差选择 · Main Search肽段质量容差调…
FirstSearch
09
同位素标记（Label-free）参数
LFQ模式 · iBAQ · MaxLFQ原理与批次校正能力
Label-free同位素标记
10
匹配between runs（MBR）
匹配时间窗口 · 匹配质量窗口 · 对跨批次匹配的权衡
betweenruns
11
重定量（Re-quantify）开关
何时开启 · 对批次间定量一致性的干扰与防范
Re-quantify重定量
12
蛋白质与肽段鉴定FDR
PSM/Protein FDR阈值 · 逆转库策略 · 跨批次FDR稳定性
FDR蛋白质
13
归一化方法选择
内部归一化（LFQ · iBAQ） · 全局归一化（Median
归一化方法选择LFQ
14
缺失值处理策略
MaxQuant中缺失值的来源 · MinProbability与Int…
缺失值处理策略MaxQuant
15
蛋白定量总结方式
Unique+ Razor · Unique · Peptide Count等对比与批…
蛋白定量总结方式Unique+
16
污染数据库与常用污染库
常见污染蛋白添加 · 跨批次间污染筛查一致性维护
污染数据库常用污染库
17
多线程与内存设置
CPU核心数 · 内存分配 · IO优化以加速多批次并行处理
多线程内存设置
18
输出文件整理
combined/txt文件夹结构 · 多批次结果合并与批次标记
输出文件整理combined/txt
19
证据表（evidence.txt）解读
关键列含义 · 跨批次差异初步诊断方法
evidence.txt证据表
20
蛋白质组表（proteinGroups.txt）解读
LFQ intensity · iBAQ · 归一化因子
proteinGroup…蛋白质组表
21
肽段表（peptides.txt）与修饰表（modificationSpecif
肽段表（peptides.txt）与修饰… · 核心概念 · 实践要点
peptides.txtmodification…
22
批次效应诊断工具
PCA · 箱线图 · 相关系数热图——在MaxQuant输…
批次效应诊断工具PCA
23
基于参数扫描（Parameter Scan）的调优流程
改变关键参数重新运行对比批次分离程度
ParameterScan
24
使用Perseus进行批次校正
在MaxQuant结果基础上用Per…
Perseus使用
25
批次一致性评估指标
批次间相关系数 · 缺失值比例 · 批次间差异蛋白数量
批次一致性评估指…批次间相关系数
26
常见调优案例一
因MBR时间窗口过宽导致跨批次噪音匹…
常见调优案例一MBR
27
常见调优案例二
LFQ归一化不稳定导致批次间定量压缩…
常见调优案例二LFQ
28
常见调优案例三
FDR阈值过低导致假阳性跨批次污染蛋…
常见调优案例三FDR
29
多批次质控流程
建立QC sample · 定期运行同一QC样本检测参数漂移
多批次质控流程QC
30
最终参数固化与报告
记录每次调优参数 · 批次一致性改善 · 形成最佳实践文档
最终参数固化报告