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Match Between Runs批次一致性评估

共计 30 章节
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01
课程介绍
批次效应的概念 · 为什么需要校正 · Match between runs…
课程介绍批次效应的概念
02
环境搭建
R与Python双环境配置 · Seurat · Harmony
环境搭建Python
03
数据准备
从10X Genomics下载示例数… · 构建Seurat对象 · 质量控制流程
数据准备Genomics
04
批次效应可视化
使用UMAP/tSNE发现批次结构 · PCA散点图按批次着色
批次效应可视化UMAP/tSNE
05
Match between runs参数初探
参数在Seurat Integrat…
Matchbetween
06
参数调优理论基础
锚点权重 · 降维维度 · 约束强度如何影响整合结果
参数调优理论基础锚点权重
07
单批次模拟实验
构造两个批次差异已知的模拟数据 · 固定其他参数只变Match betw…
单批次模拟实验构造两个批次差异…
08
多批次模拟实验
扩展到3个以上批次 · 观察参数对全局结构的影响
多批次模拟实验扩展到3个以上批…
09
参数对生物信号保留的影响
匹配前后marker基因表达分布变化
参数对生物信号保…marker
10
参数过小导致的欠整合
细胞类型混淆 · 批次残留验证
参数过小导致的欠…细胞类型混淆
11
参数过大导致的过整合
生物学差异被抹除 · 稀有细胞群消失
参数过大导致的过…生物学差异被抹除
12
定量评估指标
ARI · NMI · 批次熵
定量评估指标ARI
13
调参策略——网格搜索
设定参数范围 · 自动化搜索并记录指标
调参策略网格搜索
14
调参策略——经验法则
基于细胞数量 · 差异程度推荐初始参数
调参策略经验法则
15
真实数据案例1
PBMC数据集（不同个体间批次） · 逐步调整参数
真实数据案例1PBMC
16
真实数据案例2
脑组织数据集（不同实验室） · 对比整合前后差异
真实数据案例2脑组织数据集
17
真实数据案例3
肿瘤样本（不同技术平台） · 参数对肿瘤克隆结构影响
真实数据案例3肿瘤样本
18
参数与数据标准化方法的相互作用
SCTransform vs Log…
参数数据标准化方法的…
19
参数与特征选择方法的耦合
HVG选择数量对整合效果的影响
参数特征选择方法的耦…
20
Match between runs在不同整合工具中的实现差异
Seurat vs Harmony…
Matchbetween
21
参数可重复性
运行多次相同参数 · 评估整合结果的稳定性
参数可重复性运行多次相同参数
22
交互式可视化调参
使用Shiny应用实时调整参数观察U…
交互式可视化调参Shiny
23
参数对下游分析的影响
差异表达 · 富集分析结果的偏差
参数对下游分析的…差异表达
24
大规模数据场景
内存与计算时间随参数变化的趋势
大规模数据场景内存
25
常见陷阱与避坑指南
批次完全混杂时的参数失效 · 批次标签泄露
常见陷阱避坑指南
26
参数选择报告自动化
生成参数-指标曲线并输出最佳参数
参数选择报告自动…生成参数
27
案例复盘
我遇到的一个难以整合的数据集——参数…
案例复盘我遇到的一个难以…
28
参数与细胞注释的关系
如何利用已知细胞类型辅助参数选择
参数细胞注释的关系
29
前沿方法
对比Match between ru…
前沿方法Match
30
课程总结
参数选择决策树 · 最佳实践清单 · 未来方向
课程总结参数选择决策树