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KEGG富集分析气泡图解读方法

共计 30 章节
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01
课程介绍与KEGG数据库概述
课程介绍与KEGG数据库概述 · 核心概念 · 实践要点
KEGG课程介绍
02
富集分析基本原理
富集分析基本原理 · 核心概念 · 实践要点
富集分析基本原理重点
03
气泡图概述及其在生物信息学中的作用
气泡图概述及其在生物信息学中的作用 · 核心概念 · 实践要点
气泡图概述生物信息学
04
气泡图的数据结构
基因数 · P值 · 富集因子等
气泡图的数据结构基因数
05
KEGG通路ID与名称的获取方法
KEGG通路ID与名称的获取方法 · 核心概念 · 实践要点
KEGGID
06
常用R包
clusterProfiler简介与…
常用R包clusterProfi…
07
使用clusterProfiler进行KEGG富集分析
使用clusterProfiler进行K… · 核心概念 · 实践要点
clusterProfi…KEGG
08
气泡图绘图函数
enrichplot
气泡图绘图函数enrichplot
09
气泡图参数详解（颜色、大小、标签等）
气泡图参数详解（颜色、大小、标签等） · 核心概念 · 实践要点
气泡图参数详解颜色
10
如何调整气泡图的颜色映射
如何调整气泡图的颜色映射 · 核心概念 · 实践要点
如何调整气泡图的…重点
11
如何调整气泡大小与图例
如何调整气泡大小与图例 · 核心概念 · 实践要点
如何调整气泡大小图例
12
气泡图的坐标轴设置与优化
气泡图的坐标轴设置与优化 · 核心概念 · 实践要点
气泡图的坐标轴设…优化
13
气泡图的标题与注释添加技巧
气泡图的标题与注释添加技巧 · 核心概念 · 实践要点
气泡图的标题注释添加技巧
14
多组比较的气泡图（分面与拼图）
多组比较的气泡图（分面与拼图） · 核心概念 · 实践要点
多组比较的气泡图分面
15
气泡图的保存与导出（PDF/PNG/SVG）
气泡图的保存与导出（PDF/PNG/SV… · 核心概念 · 实践要点
PDF/PNG/SVG气泡图的保存
16
气泡图的交互式版本（plotly实现）
气泡图的交互式版本（plotly实现） · 核心概念 · 实践要点
plotly气泡图的交互式版…
17
解读气泡图中的显著性（P值与调整P值）
解读气泡图中的显著性（P值与调整P值） · 核心概念 · 实践要点
解读气泡图显著性
18
解读气泡图中的基因比例与富集因子
解读气泡图中的基因比例与富集因子 · 核心概念 · 实践要点
解读气泡图基因比例
19
常见错误
为什么气泡图为空
常见错误为什么气泡图为空
20
常见错误
P值过低但无显著通路
常见错误P值过低但无显著…
21
使用KEGG REST API获取通路详细信息
使用KEGG REST API获取通路详… · 核心概念 · 实践要点
KEGGREST
22
自定义通路标签与排序策略
自定义通路标签与排序策略 · 核心概念 · 实践要点
自定义通路标签排序策略
23
气泡图结合热图展示基因表达
气泡图结合热图展示基因表达 · 核心概念 · 实践要点
气泡图结合热图展…重点
24
气泡图用于代谢通路分析
气泡图用于代谢通路分析 · 核心概念 · 实践要点
气泡图用于代谢通…重点
25
气泡图在疾病标志物研究中的应用案例
气泡图在疾病标志物研究中的应用案例 · 核心概念 · 实践要点
气泡图疾病标志物研究
26
气泡图在药物靶点发现中的应用
气泡图在药物靶点发现中的应用 · 核心概念 · 实践要点
气泡图药物靶点发现
27
气泡图的局限性及注意事项
气泡图的局限性及注意事项 · 核心概念 · 实践要点
气泡图的局限性注意事项
28
使用Python（如GSEApy）绘制KEGG气泡图
使用Python（如GSEApy）绘制K… · 核心概念 · 实践要点
PythonGSEApy
29
在线工具（DAVID、WebGestalt）生成气泡图
在线工具（DAVID · 核心概念 · 实践要点
DAVIDWebGestalt
30
课程总结与进阶学习资源
课程总结与进阶学习资源 · 核心概念 · 实践要点
课程总结进阶学习资源