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Trimmomatic测序清洗与质控参数优化

共计 30 章节
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01
Trimmomatic概述
背景 · 用途 · 在NGS数据处理中的角色
Trimmomatic背景
02
Trimmomatic安装
conda安装 · 源码编译 · 版本选择
Trimmomatic安装
03
Trimmomatic基本用法
命令行结构 · 输入输出文件 · 运行示例
Trimmomatic基本用法
04
输入格式支持
FASTQ格式 · 压缩文件 · paired-end/single-…
输入格式支持FASTQ
05
ILLUMINACLIP参数详解
adapter序列 · seed mismatches · palindrome clip th…
ILLUMINACLIP参数详解
06
SLIDINGWINDOW参数详解
窗口大小 · 平均质量阈值 · 修剪策略
SLIDINGWINDO…参数详解
07
LEADING和TRAILING参数
首尾碱基质量修剪
LEADINGTRAILING
08
CROP和HEADCROP参数
截取指定长度
CROPHEADCROP
09
MINLEN和AVGQUAL参数
最短长度和平均质量过滤
MINLENAVGQUAL
10
MAXINFO参数
基于信息量的修剪
MAXINFO参数
11
TOPHRED33与TOPHRED64
质量编码格式选择
TOPHRED33TOPHRED64
12
参数组合策略
不同场景下参数优先级
参数组合策略不同场景下参数优…
13
质量评估工具FastQC
安装 · 运行 · 解读报告
FastQC质量评估工具
14
MultiQC整合质控报告
批量汇总可视化
MultiQC整合质控报告
15
参数调优实战
如何根据FastQC报告调整参数
参数调优实战FastQC
16
过拟合与欠拟合
避免过度修剪或保留低质量数据
过拟合欠拟合
17
批量处理脚本
使用shell或python循环运行…
批量处理脚本shell
18
并行化处理
GNU parallel · 多线程参数设置
并行化处理GNU
19
日志解析
从日志中提取处理统计信息
日志解析从日志
20
常见错误及解决方案
内存不足 · 文件格式错误 · adapter文件格式
常见错误解决方案
21
自定义adapter文件
格式 · 如何准备测序接头
adapter自定义
22
不同测序平台参数调整
Illumina vs Ion To…
不同测序平台参数…Illumina
23
RNA-seq数据特殊考虑
rRNA去除 · strandness
RNA-seq数据特殊考虑
24
宏基因组数据质控
低复杂度过滤 · 宿主污染去除
宏基因组数据质控低复杂度过滤
25
与主流流程集成
Snakemake · Nextflow · CWL
主流流程集成Snakemake
26
参数调优案例研究
从一个实际项目中优化参数
参数调优案例研究从一个实际项目
27
质控前后数据对比
读长分布 · GC含量 · 重复率
质控前后数据对比读长分布
28
数据压缩与解压
gzip · pigz · 并行解压
数据压缩解压
29
Trimmomatic版本更新变化
新功能 · 参数变更
Trimmomatic版本更新变化
30
最佳实践总结与性能评估
最佳实践总结与性能评估 · 核心概念 · 实践要点
最佳实践总结性能评估