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FastQC测序指标评估与质控阈值设定

共计 30 章节
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01
FastQC简介
什么是FastQC · 原始测序数据质量的重要性 · FastQC的应用场景
FastQC简介
02
FastQC安装与环境配置
下载FastQC · 命令行运行 · 图形界面启动
FastQC安装
03
FastQC输入与输出
支持的输入格式（FastQ · SAM · BAM）
FastQC输入
04
Basic Statistics模块解读
总序列数 · 序列长度 · %GC
BasicStatistics
05
Per base sequence quality (一)
盒须图原理 · Y轴质量分数含义 · X轴碱基位置
Perbase
06
Per base sequence quality (二)
常见异常图形分析（前端下降 · 后端下降 · 整体偏低）
Perbase
07
Per tile sequence quality
Tile（lane上小区域）的质量分… · 热图解读 · 阈值设置逻辑
Pertile
08
Per sequence quality scores
质量分数分布直方图 · 平均质量分数峰值位置 · 尾部拖尾判定
Persequence
09
Per base sequence content (一)
各碱基（A/T/G/C）在每位置的占… · 理想情况下四线平行特征
Perbase
10
Per base sequence content (二)
偏差原因（文库构建偏好 · PCR bias） · 与接头污染的区分
Perbase
11
Per sequence GC content
GC含量分布曲线 · 与理论正态分布的拟合 · 峰形偏移分析
Persequence
12
Per base N content
N（未识别碱基）在每位置的比例 · 阈值（通常>5%警告） · 仪器读取故障指示
Perbase
13
Sequence Length Distribution
序列长度分布图 · 峰型分析 · 非预期长度片段对下游分析的影响
SequenceLength
14
Sequence Duplication Levels
重复序列水平（非PCR重复 vs P… · 唯一序列百分比 · 冗余度评估
SequenceDuplication
15
Overrepresented sequences (一)
高丰度序列列表 · 是否匹配已知接头/载体/核糖体RNA · 识别方法
Overrepresen…sequences
16
Overrepresented sequences (二)
如何查看匹配数据库（如contami… · 自定义污染序列库
Overrepresen…sequences
17
Adapter Content
接头序列在每个位置的累积出现比例 · 曲线上升位置指示接头污染严重程度
AdapterContent
18
Kmer Content (一)
Kmer富集分析原理 · 富集Kmer可能来源（接头 · PCR引物
KmerContent
19
Kmer Content (二)
Kmer偏离显著性阈值（P-valu… · 如何结合Overrepresente…
KmerContent
20
FastQC阈值体系详解
每个模块的合格/警告/失败判定标准（…
FastQC阈值体系详解
21
修改FastQC配置文件
fastqc_config.txt中… · persequence · kmer等模块的警告/失败阈值
FastQC修改
22
批量运行FastQC
使用循环或parallel对多个Fa… · 输出目录组织
FastQC批量运行
23
FastQC报告自动化解析
使用Python的os · subprocess模块解析summ…
FastQC报告自动化解析
24
MultiQC集成
MultiQC合并多个FastQC报… · 生成汇总报告 · 快速浏览样本质量概况
MultiQC集成
25
实战案例一
单端测序数据质控全流程——从Fast…
实战案例一Fast
26
实战案例二
双端测序数据质控——插库大小异常 · 两端质量差异的处理策略
实战案例二双端测序数据质控
27
实战案例三
RNA-Seq数据质控——接头污染 · 转录本长度分布偏长 · rRNA残留评估
实战案例三RNA-Seq
28
实战案例四
ChIP-Seq数据质控——重复水平… · GC偏离提示扩增偏好
实战案例四ChIP-Seq
29
FastQC与其他质控工具的配合
Cutadapt/Trimmomat… · FastQ_Screen物种鉴定 · RSeQC深入分析
FastQC其他质控工具的配…
30
FastQC报告归档与质控报告撰写
自动化生成质控Summary表格 · 输出阈值决策树 · 项目复盘要点
FastQC报告归档