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Nextflow空间转录组质控流程开发

共计 30 章节

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Nextflow发展史 · 应用场景 · 与Snakemake/CWL对比

开发环境搭建

安装Java · Nextflow · Docker/Singularity

开发环境搭建Java

Nextflow基础概念

进程(process) · 通道(channel) · 工作流(workflow)

Nextflow基础概念

第一个Nextflow脚本

Hello World示例 · 理解进程和通道

Nextflow第一个

参数与配置

nextflow.config文件 · 参数传递 · 运行模式

值通道(value channel) · 队列通道(queue channel… · 通道操作符

通道详解value

输入声明 · 输出声明 · 脚本(shell script)编写

进程定义输入声明

进程中的资源管理

CPU · 内存 · 标签(label)

进程资源管理

工作流组合

子工作流 · 模块化 · include语句

工作流组合子工作流

执行与监控

运行日志 · 中间文件 · 工作目录

Docker/Singularity… · 自定义镜像 · Biocontainers

容器技术Docker/Singu…

Conda环境 · Mamba · environment.yml

软件管理Conda

空间转录组学简介

10x Visium · Slide-seq · MERFISH等平台数据格式

空间转录组学简介Visium

空间质控指标

UMI计数 · 线粒体占比 · 基因检出率

空间质控指标UMI

读取空间数据

使用Scanpy · Squidpy · STAR等工具

读取空间数据Scanpy

流程设计思路

模块化 · 可重现 · 参数可调

流程设计思路模块化

第一个质控流程

读取数据并输出基本统计量

第一个质控流程读取数据并输出基…

编写预处理进程

过滤低质量barcode · 细胞筛选

编写预处理进程barcode

空间可视化进程

生成组织切片图像 · 点图

空间可视化进程生成组织切片图像

质控报告生成

使用R Markdown/Multi…

质控报告生成Markdown/Mul…

流程参数化

设计参数文件让用户灵活调整阈值

流程参数化设计参数文件让用…

并行与加速

使用多个CPU · GPU选项 · 批处理

错误处理与调试

进程失败处理 · 再次运行机制

错误处理调试

流程的测试与验证

编写测试数据 · 单元测试

流程的测试验证

Git管理流程 · 发布版本

版本控制Git

使用GitHub Actions自动测试。

使用GitHub Actions自动测试 · 核心概念 · 实践要点

在HPC集群 · 云环境执行

流程部署HPC

使用nf-core模板规范开发。

使用nf-core模板规范开发 · 核心概念 · 实践要点

从原始空间测序数据到质控报告的全流程

案例实战从原始空间测序数…

总结与最佳实践

常见陷阱 · 性能优化 · 社区资源

最佳实践常见陷阱