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Snakemake自动质控与工作流测试

共计 30 章节
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01
Snakemake简介与安装
Snakemake是什么 · 安装方法（conda/pip） · 验证安装
Snakemake简介
02
工作流基本概念
规则（rule） · 输入（input） · 输出（output）
工作流基本概念rule
03
第一个Snakemake工作流
编写简单的质控规则 · 运行并查看结果
Snakemake第一个
04
Snakemake的配置与Snakefile
Snakefile结构 · 配置文件config.yaml的使用
SnakemakeSnakefile
05
通配符与动态文件
{sample}通配符 · expand函数 · 动态输入输出
通配符动态文件
06
使用config文件管理参数
从config读取样本列表 · 参数变量
config使用
07
日志与错误处理
log指令 · 异常捕获 · 重试机制
日志错误处理
08
多线程与并行执行
threads · resources · 并行度控制
多线程并行执行
09
集群提交（SLURM/SGE）
集群配置文件 · sbatch提交 · 集群模式运行
SLURM/SGE集群提交
10
数据质控
FastQC集成：规则编写 · 输出HTML报告
数据质控FastQC
11
MultiQC整合
合并多个FastQC报告 · 生成总览
MultiQC整合
12
适配器修剪（cutadapt/Trimmomatic）
参数传递 · 多条件处理
cutadapt/Tri…适配器修剪
13
序列比对
BWA/STAR规则：索引 · 比对 · 排序
序列比对BWA/STAR
14
排序与标记重复
Samtools sort · Picard MarkDuplica…
排序标记重复
15
变体检测
GATK HaplotypeCall…
变体检测GATK
16
报告生成
MultiQC与自定义报告：规则依赖
报告生成MultiQC
17
条件规则与分支
if/else在Snakefile中…
条件规则分支
18
Checkpoints动态分支
运行时决定下游任务
Checkpoints动态分支
19
资源管理与优先级
resources定义CPU/内存 · 优先级调度
资源管理优先级
20
环境管理
Conda环境：–use-conda · env.yaml
环境管理Conda
21
容器化
Singularity/Docker · 镜像绑定
容器化Singularity/…
22
模块化工作流
include和module
模块化工作流include
23
参数空间探索
scatter/gather模式
参数空间探索scatter/gath…
24
缓存与重新运行
–cache · –rerun-incomplete · –force
缓存重新运行
25
测试与验证
单元测试Snakefile
测试验证
26
性能调优与监控
基准测试 · 资源分析 · 并行优化
性能调优监控
27
版本控制与共享
Git管理 · Snakemake工作流发布
版本控制共享
28
实际案例1
RNA-seq质控流程
实际案例1RNA-seq
29
实际案例2
ChIP-seq质控流程
实际案例2ChIP-seq
30
总结与最佳实践
常见陷阱 · 设计原则 · 社区资源
最佳实践常见陷阱