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Snakemake批量质控工作流构建与运行

共计 30 章节
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01
Snakemake简介
Snakemake是什么 · 工作流概念 · 与Make的关系
Snakemake简介
02
安装Snakemake
环境配置 · conda安装 · pip安装
Snakemake安装
03
Snakemake基础语法
规则 · 输入 · 输出
Snakemake基础语法
04
Snakefile的编写
规则结构 · 全局参数 · 配置
Snakefile的编写
05
批次质控概述
为什么需要批次质控 · 常用QC工具（FastQC · MultiQC等）
批次质控概述为什么需要批次质…
06
第一个Snakemake流程
FastQC处理单个样本
Snakemake第一个
07
通配符与批量处理
使用通配符处理多个样本
通配符批量处理
08
配置文件和参数化
使用config.yaml · --config参数
配置文件参数化
09
输入文件组织
目录结构 · 样本列表 · 元数据
输入文件组织目录结构
10
多步骤流程
FastQC → Trimmomat…
多步骤流程FastQC
11
条件执行
跳过已完成的步骤 · --touch · --forcerun
条件执行跳过已完成的步骤
12
资源管理
线程 · 内存 · 集群提交
资源管理线程
13
日志记录
规则日志 · snakemake日志 · --latency-wait
日志记录规则日志
14
报告生成
MultiQC集成 · 生成HTML报告
报告生成MultiQC
15
错误处理
重试 · 错误规则 · --restart-times
错误处理重试
16
容器和模块
Singularity/Docker · conda环境
容器模块
17
并行执行
本地多核 · 集群调度（SLURM · SGE）
并行执行本地多核
18
规则顺序与依赖
rule order · input functions · dynamic files
规则顺序依赖
19
检查点（Checkpoints）
动态输入 · 不确定文件数
Checkpoints检查点
20
远程执行
云存储（S3 · GCS） · 远程作业
远程执行S3
21
可视化工作流
DAG生成 · --dag · --rulegraph
可视化工作流DAG
22
单元测试
模拟规则 · 测试数据
单元测试模拟规则
23
版本控制
Snakefile版本管理 · Git集成
版本控制Snakefile
24
最佳实践
模块化 · 复用规则 · 配置文件分离
最佳实践模块化
25
案例
全外显子测序批次质控流程
案例全外显子测序批次…
26
案例
RNA-seq批次质控流程
案例RNA-seq
27
性能优化
缓存 · 文件锁定 · tmp目录
性能优化缓存
28
调试技巧
--verbose · --debug-dag · 打印信息
调试技巧verbose
29
扩展功能
Snakemake插件 · 自定义函数
扩展功能Snakemake
30
总结与展望
Snakemake生态 · 未来趋势
Snakemake生态