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Snakemake多批次质控规则设计与报表生成

共计 30 章节

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Snakemake入门

Snakemake简介 · 安装 · 工作流基本概念

Snakemake简介

规则（Rule）基础

规则定义 · 输入输出 · 运行命令

通配符（Wildcard）

通配符原理 · 模式匹配 · 多样本处理

Wildcard通配符

配置文件和参数

使用config.yaml · 命令行参数 · 参数传递

配置文件参数

日志和报告

日志记录 · Snakemake报告生成 · 可视化

Conda集成 · 环境定义 · 可重复性

环境管理Conda

集群和并行执行

集群配置 · 集群提交 · 资源分配

集群并行执行

测试和调试

Dry-run · 可视化DAG · 错误定位

批次质控概述

批次效应概念 · 质量控制意义 · 常见工具

批次质控概述批次效应概念

FastQC安装 · 使用 · 输出解读

MultiQC汇总 · 报表生成 · 多批次对比

数据预处理

Trimmomatic/cutada… · 质量过滤

数据预处理Trimmomatic/…

质控指标详解

测序深度 · GC含量 · 重复率

质控指标详解测序深度

批量样本处理

样本列表管理 · 通配符循环 · 并行处理

批量样本处理样本列表管理

工作流目录结构

项目组织 · 数据目录 · 结果目录

工作流目录结构项目组织

编写第一个QC工作流

从原始FASTQ到质控报告的全流程

QC编写第一个

参数化阈值 · 灵活适配不同项目

整合多个工具

Snakemake规则调用FastQ… · MultiQC · Trimmomatic

整合多个工具Snakemake

处理不同数据格式

双端测序 · 单端测序 · BAM文件

处理不同数据格式双端测序

资源管理和性能优化

内存 · CPU · 时间限制

资源管理性能优化

错误处理和重试机制

错误捕获 · 自动重试 · 检查点

错误处理重试机制

参数化工作流

使用配置文件 · 命令行覆盖 · 模板化

参数化工作流使用配置文件

使用R进行统计质控 · 绘图（如ggplot2）

集成R脚本使用R进行统计质…

集成Python脚本

自定义Python函数 · 数据解析 · 报告生成

Snakemake的report功能

生成交互式HTML报告 · 嵌入图表

Snakemakereport

部署到HPC集群

SLURM · PBS · LSF配置

使用SLURM调度

资源请求 · 作业依赖 · 队列管理

工作流版本控制

使用Git管理Snakefile · 配置文件 · 环境

工作流版本控制Git

RNA-seq批次质控工作流

案例实战RNA-seq

全外显子组批次质控工作流：覆盖度 · 均匀性 · 批次矫正

案例实战全外显子组批次质…