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TM-score蛋白结构跨批次评估与统计比较

共计 30 章节
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01
TM-score基本概念
定义 · 取值范围 · 物理意义与历史起源
TM-score基本概念
02
蛋白质结构比对基础
RMSD · GDT · MaxSub与TM-score的关系
蛋白质结构比对基…RMSD
03
TM-score数学公式详解
长度归一化 · 距离权重 · 缩放因子d0的计算
TM-score数学公式详解
04
跨批次比较的背景
为什么不同批次的结构数据需要对齐与标…
跨批次比较的背景为什么不同批次的…
05
批次效应的产生原因
实验条件 · 软件版本 · 参数设置对结构的影响
批次效应的产生原…实验条件
06
常用的全局比对工具
TM-align · DeepAlign · FATCAT的批次稳健性分析
常用的全局比对工…TM-align
07
TM-score计算实现（Python版）
NumPy与SciPy的底层实现技巧
TM-scorePython
08
跨批次TM-score的预处理
结构叠加（Superposition…
TM-score跨批次
09
批次间结构差异量化
如何用TM-score分布检测批次漂…
批次间结构差异量…TM-score
10
统计检验方法
Mann-Whitney U检验 · Kolmogorov-Smirnov…
统计检验方法Mann-Whitney
11
批次内变异与批次间变异
方差分解（ANOVA-like）思路
批次内变异批次间变异
12
蒙特卡洛模拟评估批次影响
随机采样与TM-score阈值
蒙特卡洛模拟评估…TM-score
13
机器学习辅助批次校正
使用SVR或随机森林预测批次归属
机器学习辅助批次…SVR
14
基准数据集构建
从PDB中挑选跨批次测试集的方法
基准数据集构建PDB
15
计算效率优化
GPU加速TM-score批量计算（…
计算效率优化GPU
16
可视化工具
用热图 · 箱线图 · 火山图展示批次间TM-score差异
可视化工具用热图
17
案例1
同源结构不同实验室解析的TM-sco…
案例1TM-sco
18
案例2
Cryo-EM与X-Ray结构批次一…
案例2Cryo-EM
19
案例3
AlphaFold2预测结构与实验结…
案例3AlphaFold2
20
案例4
MD模拟轨迹不同批次快照的稳态比较
案例4MD
21
TM-score的局限性
对柔性区域不敏感 · 长度依赖及批次矫正
TM-score的局限性
22
替代指标
GDT-TS · LDDT · Q-score的跨批次鲁棒性对比
替代指标GDT-TS
23
批次效应消除策略
分层归一化 · Harmonization方法
批次效应消除策略分层归一化
24
Pipeline实践
从PDB文件到批次报告的全自动流程设…
PipelinePDB
25
命令行工具开发
用argparse封装跨批次比较脚本
命令行工具开发argparse
26
Web服务部署
Flask/Streamlit搭建在…
Web服务部署
27
参数调优
d0 · gap penalty对跨批次结果的…
参数调优d0
28
大型结构库的批次质量控制
SWISS-MODEL · PDB验证报告整合
大型结构库的批次…SWISS-MODEL
29
统计学陷阱
多重比较校正 · 效应量计算与可重复性
统计学陷阱多重比较校正
30
未来方向
深度学习端到端批次无关的结构表示与比…
未来方向深度学习端到端批…