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AlphaFold pLDDT结构置信度分析与可视化

共计 30 章节
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01
课程简介
AlphaFold 和 pLDDT… · 课程目标与面向学员
课程简介AlphaFold
02
蛋白质结构预测概述
从实验结构到计算预测 · AlphaFold 的突破性贡献
蛋白质结构预测概…从实验结构到计算…
03
pLDDT 的定义
什么是局部距离差异测试（lDDT） · pLDDT 的由来
pLDDT的定义
04
pLDDT 的数值范围与直观含义
100 分 · 每个分数段代表什么可信度
pLDDT的数值范围
05
pLDDT 与全局准确度指标（如 pTM、iPTM）的关系与区别。
pLDDT 与全局准确度指标（如 pTM · 核心概念 · 实践要点
pLDDTpTM
06
AlphaFold 输出中的 pLDDT
如何从 PDB 文件的 B-fact…
AlphaFoldpLDDT
07
使用 PyMOL 可视化 pLDDT
按 B-factor 着色 · 颜色映射方案解读
PyMOLpLDDT
08
使用 ChimeraX 可视化 pLDDT
命令与颜色设置技巧
ChimeraXpLDDT
09
pLDDT 的分布直方图
从整个蛋白到局部区域 · 如何快速判断模型质量
pLDDT的分布直方图
10
高 pLDDT 区域的特点与可靠性
>90 分区域通常代表什么
pLDDT区域的特点
11
中等 pLDDT 区域的处理建议
90 分 · 哪些情况可以信任 · 哪些需要验证
pLDDT区域的处理建议
12
低 pLDDT 区域的陷阱与对策
<50 分 · 无序区域还是折叠错误
pLDDT区域的陷阱
13
pLDDT 与残基层面的置信度
如何利用 pLDDT 进行残基特异性…
pLDDT残基层面的置信度
14
pLDDT 在多聚体结构中的应用
AlphaFold-Multimer…
pLDDT多聚体结构
15
pLDDT 与界面预测
结合 pLDDT 和 pTM 评估蛋…
pLDDT界面预测
16
pLDDT 在结构域边界识别中的作用
利用 pLDDT 波动划分结构域
pLDDT结构域边界识别
17
pLDDT 与环路（loop）区域建模
低 pLDDT 是否一定意味着模型错…
pLDDTloop
18
pLDDT 与侧链构象质量
侧链的 pLDDT 与主链 pLDD…
pLDDT侧链构象质量
19
pLDDT 的局限性
什么情况下高 pLDDT 也会误导？…
pLDDT的局限性
20
pLDDT 与实验结构比较
如何用 pLDDT 判断模型是否接近…
pLDDT实验结构比较
21
利用 pLDDT 筛选 AlphaFold 模型
多个种子模型如何选择
pLDDTAlphaFold
22
pLDDT 在结构生物信息学中的应用
例如基于 pLDDT 的蛋白设计筛选
pLDDT结构生物信息学
23
pLDDT 与深度学习模型可解释性
pLDDT 作为置信度头的训练原理简…
pLDDT深度学习模型可解…
24
解析 AlphaFold 输出中的 pLDDT JSON 文件
格式说明与编程读取
AlphaFoldpLDDT
25
使用 Python（Biopython、pandas）批量分析 pLDDT 分布
使用 Python（Biopython · 核心概念 · 实践要点
PythonBiopython
26
pLDDT 的更新与未来
AlphaFold3 中的预测置信度…
pLDDT的更新
27
常见误区澄清
pLDDT 不是 RMSD · 不是能量函数 · 它是自洽性置信度
常见误区澄清pLDDT
28
实际案例一
酶活性位点的高 pLDDT 解读与实…
实际案例一pLDDT
29
实际案例二
蛋白无序区域的低 pLDDT 在功能…
实际案例二pLDDT
30
课程总结与资源推荐
pLDDT 最佳实践 checkli… · 进一步阅读材料
课程总结资源推荐