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PAE与TM-score蛋白结构质量联合验证

共计 30 章节
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01
PAE概述
PAE的定义 · 意义与应用场景
PAE的定义
02
TM-score概述
TM-score的定义 · 意义与应用场景
TM-score的定义
03
AlphaFold2中的PAE
输出格式与解读方法
AlphaFold2PAE
04
TM-score计算方法
从结构比对到分数计算
TM-score计算方法
05
PAE与TM-score的关系
互补性与区别
PAETM-score
06
结果校验基本流程
数据准备 · 计算 · 评估
结果校验基本流程数据准备
07
pLDDT与PAE
置信度指标的结合使用
pLDDTPAE
08
常用工具介绍
Dalphafold · FoldSeek · TM-align
常用工具介绍Dalphafold
09
使用Python解析PAE文件
JSON与PDB格式
PythonPAE
10
计算TM-score的Python库
TMalign与USalign
TM-scorePython
11
可视化PAE矩阵
热力图绘制方法
PAE可视化
12
可视化TM-score分布
直方图与散点图
TM-score可视化
13
多模型比较
基于PAE和TM-score的模型选…
多模型比较PAE
14
受体-配体复合物的PAE分析
受体-配体复合物的PAE分析 · 核心概念 · 实践要点
PAE受体
15
域（domain）级别TM-score计算
域（domain）级别TM-score计… · 核心概念 · 实践要点
domainTM-score
16
结果校验中的阈值设定
何时认为预测可靠
结果校验阈值设定
17
案例
AlphaFold2预测与实验结构对…
案例AlphaFold2
18
案例
RoseTTAFold预测的TM-s…
案例RoseTTAFold
19
大规模数据集上的批量校验方法
大规模数据集上的批量校验方法 · 核心概念 · 实践要点
大规模数据集上的…重点
20
结合pLDDT、PAE和TM-score的综合评分策略
结合pLDDT · 核心概念 · 实践要点
pLDDTPAE
21
错误分析
PAE高区域与TM-score低的原…
错误分析PAE
22
局部结构误差与全局误差的区分方法
局部结构误差与全局误差的区分方法 · 核心概念 · 实践要点
局部结构误差全局误差的区分方…
23
使用PAE指导模型优化
使用PAE指导模型优化 · 核心概念 · 实践要点
PAE使用
24
TM-score的局限性
对柔性区域的敏感度
TM-score的局限性
25
跨蛋白质家族的TM-score归一化
跨蛋白质家族的TM-score归一化 · 核心概念 · 实践要点
TM-score跨蛋白质家族的
26
评估预测误差的不确定性
自助法（bootstrap）
评估预测误差的不…bootstrap
27
结果校验报告的自动生成
结果校验报告的自动生成 · 核心概念 · 实践要点
结果校验报告的自…重点
28
结果校验中的常见陷阱与避坑指南
结果校验中的常见陷阱与避坑指南 · 核心概念 · 实践要点
结果校验常见陷阱
29
将PAE和TM-score集成到工作流中
将PAE和TM-score集成到工作流中 · 核心概念 · 实践要点
PAETM-score
30
未来发展方向
基于深度学习的评估方法
未来发展方向基于深度学习的评…