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Scanpy整合后聚类与差异分析实战

共计 30 章节
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01
课程简介
Scanpy与单细胞RNA-seq分…
课程简介Scanpy
02
单细胞数据格式
AnnData结构详解与常用属性
单细胞数据格式AnnData
03
环境搭建
安装Scanpy并加载示例数据集（p…
环境搭建Scanpy
04
数据导入
从10X格式 · h5ad或CSV读取数据
数据导入从10X格式
05
质控第一步
计算QC指标（线粒体 · 核糖体基因占比）
质控第一步QC
06
细胞过滤
基于QC指标去除低质量细胞和双细胞
细胞过滤QC
07
基因过滤
去除低表达基因和稀有基因
基因过滤去除低表达基因
08
标准化与对数化
normalize_total与lo…
标准化对数化
09
高变基因选择
seurat_v3 · brennecke等方法的实现
高变基因选择seurat
10
PCA降维
主成分分析的基本流程与肘图选择
PCA降维
11
Harmony整合
安装HarmonyPy并使用scan…
Harmony整合
12
BBKNN整合
利用bbknn进行批次校正的步骤与参…
BBKNN整合
13
Scanorama整合
通过sc.external.pp.s…
Scanorama整合
14
临近图构建
scanpy.pp.neighbor…
临近图构建scanpy.pp.ne…
15
UMAP可视化
scanpy.tl.umap与sca…
UMAP可视化
16
Leiden聚类
分辨率参数调优与聚类结果评估
Leiden聚类
17
聚类后注释
利用已知标记基因进行细胞类型鉴定
聚类后注释利用已知标记基因…
18
差异基因分析
scanpy.tl.rank_gen…
差异基因分析scanpy.tl.ra…
19
DEG结果筛选
调整p值阈值与logFC筛选条件
DEG结果筛选
20
火山图绘制
scanpy.pl.rank_gen…
火山图绘制scanpy.pl.ra…
21
热图展示
scanpy.pl.heatmap绘…
热图展示scanpy.pl.he…
22
点图与提琴图
scanpy.pl.dotplot与…
点图提琴图
23
细胞周期评分
根据细胞周期基因集计算S期与G2M期…
细胞周期评分G2M
24
功能富集分析
将DEG导入gseapy进行GO/K…
功能富集分析DEG
25
轨迹推断
用PAGA（partition-ba…
轨迹推断PAGA
26
实战案例1
整合两个不同条件的人PBMC数据
实战案例1PBMC
27
实战案例2
从整合到聚类到差异分析的完整Pipe…
实战案例2Pipe
28
实战案例3
多批次（>3批次）整合与聚类结果一致…
实战案例3多批次
29
常见错误
维度错误 · 内存不足 · 缺失值处理方法与调优技巧
常见错误维度错误
30
课程总结
回顾核心流程 · 推荐进一步学习资源与论文
课程总结回顾核心流程