VIP20
本课程属于：024-单细胞转录组批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

BBKNN批次校正参数敏感性与质量评估

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
BBKNN简介
背景 · 原理 · 适用场景
BBKNN简介
02
BBKNN核心参数概览
neighbors · n_pcs · approx等
BBKNN核心参数概览
03
数据准备与预处理
标准化 · 降维
数据准备预处理
04
第一个BBKNN实例
快速上手
BBKNN第一个
05
理解neighbors参数
邻居数的影响
neighbors理解
06
理解n_pcs参数
主成分数的选择
pcs理解n
07
理解approx参数
近似最近邻的权衡
approx理解
08
理解use_approx参数
精确与近似的选择
useapprox
09
理解batch_key参数
批次信息的指定
batchkey
10
理解var_names参数
特征选择
varnames
11
理解return_with_info参数
返回详细信息
returnwith
12
其他参数
n_trees · search_k · distance_metric
其他参数trees
13
参数调优策略概述
网格搜索 · 随机搜索 · 贝叶斯优化
参数调优策略概述网格搜索
14
基于网格搜索的调优实践。
基于网格搜索的调优实践 · 核心概念 · 实践要点
基于网格搜索的调…重点
15
基于随机搜索的调优实践。
基于随机搜索的调优实践 · 核心概念 · 实践要点
基于随机搜索的调…重点
16
基于贝叶斯优化的调优实践。
基于贝叶斯优化的调优实践 · 核心概念 · 实践要点
基于贝叶斯优化的…重点
17
调优评价指标
批次效应校正效果（LISI · kBET · 熵等）
调优评价指标LISI
18
调优评价指标
生物保守性（细胞类型分离度等）
调优评价指标生物保守性
19
可视化辅助调优
UMAP叠加图 · 批次分布图
可视化辅助调优UMAP
20
调优工具与框架
scikit-optimize · hyperopt · optuna
调优工具框架
21
效果评估总览
指标选择与权衡
效果评估总览指标选择
22
定量评估方法
LISI评分详解
定量评估方法LISI
23
定量评估方法
kBET检验详解
定量评估方法kBET
24
定量评估方法
ASW（轮廓系数）评估
定量评估方法ASW
25
定量评估方法
批次-生物方差分解
定量评估方法批次
26
定性评估方法
可视化检查（UMAP · t-SNE · PCA）
定性评估方法UMAP
27
真实数据案例1
PBMC数据批次校正
真实数据案例1PBMC
28
真实数据案例2
小鼠脑细胞数据
真实数据案例2小鼠脑细胞数据
29
常见问题与避坑指南
参数选择误区 · 数据不平衡处理
常见问题避坑指南
30
总结与最佳实践
参数推荐 · 工作流建议
最佳实践参数推荐