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单细胞整合批次质控与统计报告生成

共计 30 章节

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批次效应概述

什么是批次效应 · 为什么需要质控

批次效应概述什么是批次效应

单细胞RNA-seq数据基础

表达矩阵 · 细胞条形码 · 基因

RNA-seq单细胞

实验设计中的批次因素

不同平台 · 不同日期 · 不同操作者

实验设计批次因素

质控指标介绍

细胞数 · 基因数 · 线粒体比例

质控指标介绍细胞数

获取公共数据集

从GEO/SRA下载示例数据（代码演…

获取公共数据集GEO/SRA

使用Scanpy读取数据

anndata对象 · 基本属性

数据预处理

过滤低质量细胞和基因

数据预处理过滤低质量细胞

标准化与对数化

标准化对数化

高变基因选择

识别表达变异大的基因

高变基因选择识别表达变异大的…

主成分分析原理与实现

展示细胞聚类

批次效应可视化

用颜色标记批次来源

批次效应可视化用颜色标记批次来…

批次效应定量评估

k-BET · LISI等指标

批次效应定量评估k-BET

热图展示批次相关性

批次间基因表达相关性

热图展示批次相关…批次间基因表达相…

使用Harmony整合批次

原理与参数

代码实现与结果解读

Harmony代码实现

使用Seurat的CCA整合

跨平台整合

CCA与MNN方法对比

优缺点分析

使用scVI深度学习整合

贝叶斯变分推断

训练模型与校正后可视化

scVI训练模型

批次校正后聚类

批次校正后聚类Leiden

比较校正前后聚类变化

AUCell · marker基因稳定性

比较校正前后聚类…AUCell

质控报告自动生成

使用R Markdown或Pytho…

质控报告自动生成Markdown

批次质控报告模板设计

包括图表 · 表格 · 结论

批次质控报告模板…包括图表

使用pandas生成质控统计表

细胞数 · 基因数 · 批次分布

使用matplotlib/seaborn绘制质控图

小提琴图 · 散点图

matplotlib/s…使用

使用plotly交互式质控报告

可动态探索

报告解读与决策

根据质控结果决定是否重新校正

报告解读决策

整合两个不同平台的PBMC数据集

实战案例PBMC

总结与最佳实践

批次质控的常见陷阱与建议

最佳实践批次质控的常见陷…