VIP20
本课程属于：021-蛋白配体结合自由能估计 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

PDB蛋白结构预处理与可追溯工作流

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
PDB格式概述
PDB文件标准 · 原子记录 · 坐标
PDB格式概述
02
PDB文件解析
使用BioPython读取PDB · 提取原子信息 · 链信息
PDB文件解析
03
结构质量检查
残基缺失 · 原子缺失 · 异常键长键角
结构质量检查残基缺失
04
缺失原子填补
使用MODELER或AutoFill…
缺失原子填补MODELER
05
水分子处理
去除或保留结晶水 · 水分子聚类 · 水分子与蛋白相互作用分析
水分子处理去除或保留结晶水
06
备选构象处理
选择A构象 · B构象或平均构象 · 处理备选位置（ALTID）
备选构象处理选择A构象
07
链命名与重命名
统一链ID · 去除多余链 · 合并链
链命名重命名
08
配体处理
提取配体 · 生成配体描述文件（SMILES · SDF）
配体处理提取配体
09
小分子修正
调整化学键 · 原子类型 · 形式电荷
小分子修正调整化学键
10
结构对齐与叠加
基于Cα或骨架原子的结构对齐 · 计算RMSD
结构对齐叠加
11
多模型处理
NMR结构的多模型提取 · 平均或选择代表结构
多模型处理NMR
12
残基编号标准化
统一残基编号方案 · 处理不连续编号
残基编号标准化统一残基编号方案
13
插入残基处理
处理InsertionCode · 标准化序列
插入残基处理InsertionCod…
14
结构修复工具
使用PDB Fixer · Reduce · ProCheck等工具自动修复
结构修复工具PDB
15
B因子分析
温度因子（B-factor）分布 · 异常值处理 · 平滑或过滤
B因子分析B-factor
16
空间群与晶胞参数
检查晶胞参数合理性 · 转换至标准空间群
空间群晶胞参数
17
数据处理流水线
构建从原始PDB到清洗后结构的自动化…
数据处理流水线PDB
18
审计跟踪概念
为什么需要审计跟踪？版本控制与变更记…
审计跟踪概念为什么需要审计跟…
19
Git在结构处理中的应用
使用Git管理PDB文件版本 · 记录每次修改
Git结构处理
20
元数据记录
记录预处理步骤 · 参数 · 软件版本
元数据记录记录预处理步骤
21
可重复性检查
验证预处理流程是否可复现 · 使用容器（Docker/Singul…
可重复性检查验证预处理流程是…
22
质量控制报告生成
生成HTML/PDF报告 · 包括质量指标 · 统计图表
质量控制报告生成HTML/PDF
23
一致性检查
比较不同预处理版本的结构差异 · 输出差异报告
一致性检查比较不同预处理版…
24
校验和与哈希
使用MD5/SHA256验证文件完整…
校验哈希
25
工作流管理
使用Snakemake或Nextfl…
工作流管理Snakemake
26
数据标准化
统一文件格式（如mmCIF到PDB） · 处理非标准记录
数据标准化mmCIF
27
特殊残基处理
修饰残基（如磷酸化 · 乙酰化） · 非标准氨基酸
特殊残基处理修饰残基
28
多构象或晶体学对称处理
生成生物学组装体 · 处理晶胞变换
多构象或晶体学对…生成生物学组装体
29
数据库接口
从PDB下载 · 上传到本地数据库 · ID映射
数据库接口PDB
30
综合实战项目
从原始PDB ID出发 · 执行完整预处理与审计跟踪 · 生成最终报告
综合实战项目PDB