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FEP自由能计算环境版本控制与结果复现

共计 30 章节
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01
FEP计算概述
什么是FEP · FEP在药物设计中的应用
FEP计算概述
02
版本控制基础
Git核心概念与工作流
版本控制基础Git
03
FEP计算环境搭建
软件栈与依赖管理
FEP计算环境搭建
04
输入文件结构
分子拓扑 · 力场参数 · 模拟参数
输入文件结构分子拓扑
05
Git仓库初始化
FEP项目目录结构设计
Git仓库初始化
06
分支策略
适合FEP计算的分支模型（Git F…
分支策略FEP
07
输入文件版本控制
跟踪拓扑文件 · 参数文件的变更
输入文件版本控制跟踪拓扑文件
08
脚本版本控制
FEP预处理 · 运行 · 后处理脚本管理
脚本版本控制FEP
09
提交信息规范
FEP项目中的良好提交消息习惯
提交信息规范FEP
10
使用.gitignore忽略临时文件
避免提交大体积轨迹 · 日志
gitignore使用
11
数据管理
FEP输出结果（自由能差值 · 收敛图）的版本控制
数据管理FEP
12
标签与发布
标记关键FEP计算版本
标签发布
13
合并冲突处理
多用户同时修改输入文件时的协作
合并冲突处理多用户同时修改输…
14
代码审查流程
FEP计算脚本的Peer Revie…
代码审查流程FEP
15
持续集成
自动运行FEP测试计算验证
持续集成FEP
16
持续部署
自动化FEP计算工作流
持续部署FEP
17
容器化FEP环境
使用Docker/Singulari…
FEP容器化
18
环境版本控制
用conda/pip freeze记…
环境版本控制conda/pip
19
文档版本控制
README · 手册 · 计算结果报告
文档版本控制README
20
FEP计算流程标准化
统一脚本模板与配置文件
FEP计算流程标准化
21
回溯与复现
使用版本标签重现历史FEP计算
回溯复现
22
工作流自动化工具
Snakemake/Nextflow…
工作流自动化工具Snakemake/Ne…
23
实验记录与版本
结合Jupyter Notebook…
实验记录版本
24
权限管理
FEP项目仓库的访问控制
权限管理FEP
25
大型文件处理
使用Git LFS管理大分子文件
大型文件处理Git
26
版本控制最佳实践
FEP计算团队协作指南
版本控制最佳实践FEP
27
故障排查
Git操作常见问题与解决方案
故障排查Git
28
FEP计算历史追溯
利用git blame定位问题
FEP计算历史追溯
29
案例研究
一个完整FEP项目的版本控制实践
案例研究FEP
30
未来展望
FEP计算与版本控制的新趋势
未来展望FEP