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PDB结构数据质量审计与格式转换

共计 30 章节
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01
PDB格式概述
历史 · 标准结构 · 文件构成
PDB格式概述
02
PDB审计追踪的概念
为什么需要审计？完整性 · 可追溯性
PDB审计追踪的概念
03
PDB文件头部的REMARK记录
种类与用途
PDBREMARK
04
审计相关的REMARK标记
REMARK 1 · 2 · 3等
REMARK审计相关的
05
分子坐标记录
ATOM · HETATM · TER
分子坐标记录ATOM
06
晶体学信息
CRYST1 · SCALE等记录
晶体学信息CRYST1
07
生物组装与对称性
BIOMT · REMARK 350
生物组装对称性
08
实验方法信息
REMARK 200 · REMARK 210
实验方法信息REMARK
09
结构修正与验证
REMARK 500 · 600 · 700
结构修正验证
10
版本与修订历史
PDB ID与版本号
版本修订历史
11
注释与参考文献
JRNL · REMARK 1中的引用
注释参考文献
12
非标准残基与修饰
HET records · LINK · SSBOND
非标准残基修饰
13
水分子与配体
HETATM处理
水分子配体
14
多模型与NMR
MODEL · ENDMDL
NMR多模型
15
晶体学R值和R-free
REMARK 3中
R-free晶体学R值
16
结构质量评估
RMSD · clashes · Ramachandran
结构质量评估RMSD
17
文件完整性检查
格式校验 · 错误处理
文件完整性检查格式校验
18
常用工具
pdb-tools · BioPython解析
常用工具pdb-tools
19
审计追踪实现
记录变更日志 · 版本控制
审计追踪实现记录变更日志
20
使用Git管理PDB文件。
使用Git管理PDB文件 · 核心概念 · 实践要点
GitPDB
21
自动化审计脚本
Python脚本示例
自动化审计脚本Python
22
数据库中的审计
PDB数据库的更新机制
数据库审计
23
合规性要求
FAIR原则 · 数据管理计划
合规性要求FAIR
24
元数据管理
PDBx/mmCIF格式对比
元数据管理PDBx/mmCIF
25
从PDB到mmCIF
迁移与审计
PDBmmCIF
26
结构数据可视化
PyMOL与VMD中的审计信息
结构数据可视化PyMOL
27
错误检测与修复
常见PDB格式错误
错误检测修复
28
多序列比对与结构叠加中的审计。
多序列比对与结构叠加中的审计 · 核心概念 · 实践要点
多序列比对结构叠加
29
案例研究
一个结构项目的完整审计
案例研究一个结构项目的完…
30
最佳实践与未来趋势
自动化 · 区块链
最佳实践未来趋势