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GROMACS依赖构建与分子模拟工作流

共计 30 章节
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01
GROMACS概述
GROMACS历史 · 核心功能 · 在分子动力学中的应用
GROMACS历史
02
依赖管理概念
为什么需要依赖锁定 · 环境可重复性危机
依赖管理概念为什么需要依赖锁…
03
编译GROMACS前的准备
编译器 · MPI · FFTW
GROMACS编译
04
使用环境模块管理依赖
module load/use技巧与…
使用环境模块管理…module
05
Conda环境与GROMACS
使用conda创建隔离环境 · 安装与更新GROMACS
CondaGROMACS
06
Spack包管理器
使用Spack编译GROMACS及所…
Spack包管理器
07
EasyBuild自动化构建
用EasyBuild实现GROMAC…
EasyBuild自动化构建
08
Docker容器化GROMACS
编写Dockerfile · 构建镜像 · 发布与复用
DockerGROMACS
09
Singularity/Apptainer
HPC环境下的容器方案 · 构建GROMACS镜像
Singularity/…HPC
10
依赖版本锁定
使用requirements.txt · spack.lock · environment.yaml锁定…
依赖版本锁定requirements…
11
持续集成（CI）与GROMACS
GitLab CI/CD自动编译与测…
CIGROMACS
12
GROMACS输入文件结构
拓扑（top） · 坐标（gro/pdb） · 参数（mdp）详解
GROMACS输入文件结构
13
模拟流程简介
能量最小化 · NVT平衡 · NPT平衡
模拟流程简介能量最小化
14
GROMACS工具链
gmx grompp · gmx mdrun · gmx energy等核心命令
GROMACS工具链
15
并行计算基础
OpenMP多线程 · MPI进程级并行 · GPU加速（CUDA/HIP）
并行计算基础OpenMP
16
性能调优
调整子集划分 · 邻居搜索步长 · GPU利用率优化
性能调优调整子集划分
17
自动化工作流
使用Shell脚本串联多个GROMA…
自动化工作流Shell
18
Python与GROMACS
使用MDAnalysis · MDTraj进行轨迹分析
PythonGROMACS
19
工作流管理工具（Snakemake）
定义规则 · 并行执行 · 环境隔离
Snakemake工作流管理工具
20
工作流管理工具（Nextflow）
容器化流程 · 可重复性与可扩展性
Nextflow工作流管理工具
21
作业调度系统（SLURM）
提交GROMACS作业 · 作业数组与资源申请
SLURM作业调度系统
22
GPU集群上的GROMACS
多GPU分配 · 多节点GPU通信（InfiniBan…
GPUGROMACS
23
力场与参数化
AMBER · CHARMM · OPLS力场文件获取与转换
力场参数化
24
溶剂模型与离子
水模型选择（SPC/E · TIP3P） · gmx genion添加离子
溶剂模型离子
25
增强采样方法
伞形采样 · 元动力学 · 加速MD原理与实现
增强采样方法伞形采样
26
轨迹分析与可视化
gmx rmsd · gmx sasa · gmx trjconv
轨迹分析可视化
27
结果重现性
记录环境 · 参数 · 随机种子
结果重现性记录环境
28
版本控制
用Git管理GROMACS配置文件 · 脚本 · 输出结果
版本控制Git
29
故障排除
常见编译错误 · 运行错误 · 性能瓶颈排查方法
故障排除常见编译错误
30
最佳实践总结
构建可重复的工作流 · 团队协作 · 文档化与分享
最佳实践总结构建可重复的工作…