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GPCR靶点分子动力学与自由能计算

共计 30 章节
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01
GPCR靶标自由能计算简介
课程概述 · 自由能概念 · 应用背景
GPCR靶标自由能计算简…
02
分子模拟基础
经典力学 · 力场介绍（AMBER · CHARMM等）
分子模拟基础经典力学
03
分子动力学模拟原理
牛顿运动方程 · 积分算法 · 温度与压力控制
分子动力学模拟原…牛顿运动方程
04
溶剂模型与周期性边界条件
显式溶剂 · 隐式溶剂 · PBC设置
溶剂模型周期性边界条件
05
分子动力学模拟流程
初始结构准备 · 能量最小化 · 平衡
分子动力学模拟流…初始结构准备
06
自由能计算方法概述
热力学积分 · 自由能扰动 · MM/GBSA等
自由能计算方法概…热力学积分
07
热力学积分（TI）原理
λ耦合 · 哈密顿量插值 · 积分方法
TI热力学积分
08
自由能扰动（FEP）原理
窗口方法 · BAR · MBAR
FEP自由能扰动
09
结合自由能计算
受体-配体结合 · 双解耦方法
结合自由能计算受体
10
相对结合自由能计算
配体突变 · ΔΔG计算
相对结合自由能计…配体突变
11
绝对结合自由能计算
从束缚态到自由态
绝对结合自由能计…从束缚态到自由态
12
采样增强方法
伞形采样 · 元动力学 · 加速MD
采样增强方法伞形采样
13
伞形采样与WHAM
简介 · 窗口选择 · WHAM分析
WHAM伞形采样
14
元动力学原理
偏置势 · 集变量 · 高斯添加
元动力学原理偏置势
15
自由能计算软件概述
GROMACS · AMBER · NAMD
自由能计算软件概…GROMACS
16
GROMACS基础
安装 · 模拟流程 · 输入文件
GROMACS安装
17
GROMACS自由能计算
TI/FEP实现 · 参数设置
GROMACS自由能计算
18
AMBER自由能计算
MM/GBSA · TI/FEP
AMBER自由能计算
19
NAMD自由能计算
FEP · ABF
NAMD自由能计算
20
自由能计算中的数值问题
收敛性 · 误差估计 · 滞后现象
自由能计算数值问题
21
自由能计算的加速策略
GPU加速 · 副本交换
自由能计算的加速…GPU
22
自由能计算中的关键参数
λ窗口数 · 模拟时间 · 阻尼因子
自由能计算关键参数
23
自由能计算的结果分析
自由能曲线 · 误差条 · 收敛判别
自由能计算的结果…自由能曲线
24
结合自由能计算中的熵与焓贡献
能量分解
结合自由能计算焓贡献
25
GPCR模型构建
同源建模 · 结构准备 · 质子化状态
GPCR模型构建
26
配体参数化
GAFF · CGenFF等力场参数生成
配体参数化GAFF
27
自由能计算中的配体结合位点
水分子 · 配体姿态
自由能计算配体结合位点
28
GPCR自由能计算案例研究
实例分析 · 常见陷阱
GPCR自由能计算案例研…
29
自由能计算的自动化流程
脚本编写 · 工作流工具（如BioExcel）
自由能计算的自动…脚本编写
30
课程总结与展望
未来方向 · 文献推荐
课程总结未来方向