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本课程属于：021-蛋白配体结合自由能估计 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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靶点结合自由能计算与案例验证

共计 30 章节
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01
课程介绍与目标
自由能估计在药物设计中的角色
课程介绍目标
02
热力学基础
自由能的统计力学定义与关键热力学量
热力学基础自由能的统计力学…
03
自由能扰动(FEP)原理
指数平均与Bennett接受比
FEP自由能扰动
04
热力学积分(TI)
通过耦合参数逐步计算自由能
TI热力学积分
05
慢增长与快增长方法
逐步突变与快速突变
慢增长快增长方法
06
伞形采样(Umbrella Sampling)与WHAM解析
伞形采样(Umbrella Sampli… · 核心概念 · 实践要点
UmbrellaSampling
07
分子动力学模拟基础回顾
力场 · 积分器 · 周期性边界
分子动力学模拟基…力场
08
常用力场与参数化
GAFF · AMBER · CHARMM的取舍
常用力场参数化
09
配体参数化工具
antechamber · acpype · CGenFF
配体参数化工具antechamber
10
蛋白质-配体复合物结构获取与预处理
蛋白质-配体复合物结构获取与预处理 · 核心概念 · 实践要点
蛋白质配体复合物结构获…
11
拓扑文件生成
GROMACS的pdb2gmx与li…
拓扑文件生成GROMACS
12
溶剂化与平衡
周期性盒子 · 离子添加 · 能量最小化
溶剂化平衡
13
自由能计算的双顶层(Topology)方法
自由能计算的双顶层(Topology)方… · 核心概念 · 实践要点
Topology自由能计算的双顶…
14
自由能模拟的参数设置
步长 · 温度 · 压力
自由能模拟的参数…步长
15
运行自由能扰动模拟
利用gmx bar收集数据
运行自由能扰动模…gmx
16
结果分析
自由能差 · 误差估计与收敛性判断
结果分析自由能差
17
案例一
简单配体与水溶液的绝对结合自由能
案例一简单配体
18
案例二
同类配体间的相对结合自由能对比
案例二同类配体间的相对…
19
案例三
蛋白质突变对结合自由能的影响
案例三蛋白质突变对结合…
20
加速技术一
副本交换(Replica Excha…
加速技术一Replica
21
加速技术二
多态模拟(Multi-state)与…
加速技术二Multi-state
22
基于机器学习的自由能预测
NNP/Δ-Learn
基于机器学习的自…NNP
23
常见陷阱与避坑指南
静电处理 · 软核势 · 滞后现象
常见陷阱避坑指南
24
自由能结果的验证
与实验Kd/IC50对比
自由能结果的验证Kd/IC50
25
自动化工作流
Python脚本批量生成拓扑与运行模…
自动化工作流Python
26
自由能计算在片段筛选(Fragment-based)中的应用
自由能计算在片段筛选(Fragment-… · 核心概念 · 实践要点
Fragment-bas…自由能计算
27
结合自由能分解
MM/GBSA原理与实操
结合自由能分解MM/GBSA
28
结合自由能分解
MM/PBSA及熵贡献的估算
结合自由能分解MM/PBSA
29
真实项目案例
某靶点抑制剂从苗头到先导的优化
真实项目案例某靶点抑制剂从苗…
30
课程总结与展望
自由能计算的前沿方向
课程总结自由能计算的前沿…