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生物信息学与 AI 制药工程
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021-蛋白配体结合自由能估计
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《靶点结合口袋识别与蛋白结构准备》
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靶点结合口袋识别与蛋白结构准备
共计 30 章节
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01
什么是口袋识别?应用背景
什么是口袋识别?应用背景 · 核心概念 · 实践要点
什么是口袋识别?…
重点
02
分子结构与结合口袋基础
分子结构与结合口袋基础 · 核心概念 · 实践要点
分子结构
结合口袋基础
03
蛋白质结构数据资源(PDB)
蛋白质结构数据资源(PDB) · 核心概念 · 实践要点
PDB
蛋白质结构数据资…
04
配体与受体相互作用
配体与受体相互作用 · 核心概念 · 实践要点
配体
受体相互作用
05
口袋检测算法概述
口袋检测算法概述 · 核心概念 · 实践要点
口袋检测算法概述
重点
06
基于几何的口袋识别方法
基于几何的口袋识别方法 · 核心概念 · 实践要点
基于几何的口袋识…
重点
07
基于能量的口袋识别方法
基于能量的口袋识别方法 · 核心概念 · 实践要点
基于能量的口袋识…
重点
08
常用口袋识别工具(如fpocket, SiteMap等)
常用口袋识别工具(如fpocket · 核心概念 · 实践要点
fpocket
SiteMap
09
口袋特征描述子
口袋特征描述子 · 核心概念 · 实践要点
口袋特征描述子
重点
10
结构准备的重要性
结构准备的重要性 · 核心概念 · 实践要点
结构准备的重要性
重点
11
结构准备流程(加氢、优化、修复)
结构准备流程(加氢、优化、修复) · 核心概念 · 实践要点
结构准备流程
加氢
12
使用OpenBabel进行结构准备
使用OpenBabel进行结构准备 · 核心概念 · 实践要点
OpenBabel
使用
13
使用PyMOL进行结构准备
使用PyMOL进行结构准备 · 核心概念 · 实践要点
PyMOL
使用
14
使用MOE/DS等商业软件
使用MOE/DS等商业软件 · 核心概念 · 实践要点
MOE/DS
使用
15
对接准备
受体结构优化
对接准备
受体结构优化
16
对接准备
配体结构优化
对接准备
配体结构优化
17
口袋识别与药物设计
口袋识别与药物设计 · 核心概念 · 实践要点
口袋识别
药物设计
18
虚拟筛选中的口袋应用
虚拟筛选中的口袋应用 · 核心概念 · 实践要点
虚拟筛选
口袋应用
19
基于口袋的药物设计
基于口袋的药物设计 · 核心概念 · 实践要点
基于口袋的药物设…
重点
20
深度学习在口袋识别中的应用
深度学习在口袋识别中的应用 · 核心概念 · 实践要点
深度学习
口袋识别
21
口袋相似性比较
口袋相似性比较 · 核心概念 · 实践要点
口袋相似性比较
重点
22
口袋的药效团特征
口袋的药效团特征 · 核心概念 · 实践要点
口袋的药效团特征
重点
23
结合口袋的动力学分析
结合口袋的动力学分析 · 核心概念 · 实践要点
结合口袋的动力学…
重点
24
多构象口袋识别
多构象口袋识别 · 核心概念 · 实践要点
多构象口袋识别
重点
25
口袋识别在酶设计中的应用
口袋识别在酶设计中的应用 · 核心概念 · 实践要点
口袋识别
酶设计
26
实用案例
从PDB结构到口袋识别
实用案例
PDB
27
结构准备常见错误与调试
结构准备常见错误与调试 · 核心概念 · 实践要点
结构准备常见错误
调试
28
自动化流程构建
自动化流程构建 · 核心概念 · 实践要点
自动化流程构建
重点
29
结果评估与验证
结果评估与验证 · 核心概念 · 实践要点
结果评估
验证
30
未来展望与资源推荐
未来展望与资源推荐 · 核心概念 · 实践要点
未来展望
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