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药物分子优化中的自由能应用

共计 30 章节
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01
引言
自由能在药物设计中的重要性
引言自由能
02
分子动力学模拟基础
力场 · 周期性边界条件 · 溶剂模型
分子动力学模拟基…力场
03
自由能基础知识
热力学基本概念 · 吉布斯自由能
自由能基础知识热力学基本概念
04
自由能计算方法概览
FEP · TI · BAR
自由能计算方法概…FEP
05
热力学积分(TI)原理与实现
热力学积分(TI)原理与实现 · 核心概念 · 实践要点
TI热力学积分
06
自由能微扰(FEP)原理与实现
自由能微扰(FEP)原理与实现 · 核心概念 · 实践要点
FEP自由能微扰
07
Bennett接受比(BAR)和多态BAR(MBAR)
Bennett接受比(BAR)和多态BA… · 核心概念 · 实践要点
BennettBAR
08
缓慢生长方法(Slow Growth)与约束方法
缓慢生长方法(Slow Growth)与… · 核心概念 · 实践要点
SlowGrowth
09
双拓扑与单拓扑方法
双拓扑与单拓扑方法 · 核心概念 · 实践要点
双拓扑单拓扑方法
10
软核势在自由能计算中的应用
软核势在自由能计算中的应用 · 核心概念 · 实践要点
软核势自由能计算
11
溶剂化自由能计算
水合自由能
溶剂化自由能计算水合自由能
12
相对结合自由能计算
配体修饰对结合亲和力的影响
相对结合自由能计…配体修饰对结合亲
13
绝对结合自由能计算
从自发结合到束缚态
绝对结合自由能计…从自发结合到束缚…
14
路径耦合与解耦方法
路径耦合与解耦方法 · 核心概念 · 实践要点
路径耦合解耦方法
15
关键参数选择
λ窗口数 · 模拟时长 · 退火步骤
关键参数选择λ窗口数
16
误差分析与收敛性评估
误差分析与收敛性评估 · 核心概念 · 实践要点
误差分析收敛性评估
17
力场对自由能计算的影响
力场对自由能计算的影响 · 核心概念 · 实践要点
力场对自由能计算…重点
18
电荷与范德华参数的优化
电荷与范德华参数的优化 · 核心概念 · 实践要点
电荷范德华参数的优化
19
显式溶剂模型与隐式溶剂模型对比
显式溶剂模型与隐式溶剂模型对比 · 核心概念 · 实践要点
显式溶剂模型隐式溶剂模型对比
20
MM/GBSA与MM/PBSA方法详解
MM/GBSA与MM/PBSA方法详解 · 核心概念 · 实践要点
MM/GBSAMM/PBSA
21
自由能计算的自动化流程
自由能计算的自动化流程 · 核心概念 · 实践要点
自由能计算的自动…重点
22
常见自由能计算软件
AMBER · GROMACS · NAMD
常见自由能计算软…AMBER
23
案例
计算一个蛋白-配体复合物的相对结合自…
案例计算一个蛋白
24
案例
计算化合物对BRD4的结合自由能排名
案例BRD4
25
案例
优化先导化合物的亲脂性
案例优化先导化合物的…
26
自由能计算中的采样增强技术
副本交换 · 加速MD
自由能计算采样增强技术
27
机器学习辅助的自由能预测
机器学习辅助的自由能预测 · 核心概念 · 实践要点
机器学习辅助的自…重点
28
自由能计算在虚拟筛选中的应用
自由能计算在虚拟筛选中的应用 · 核心概念 · 实践要点
自由能计算虚拟筛选
29
工业级自由能工作流的最佳实践
工业级自由能工作流的最佳实践 · 核心概念 · 实践要点
工业级自由能工作…重点
30
课程总结与未来展望
课程总结与未来展望 · 核心概念 · 实践要点
课程总结未来展望