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分子模拟力场文件版本控制与校验

共计 30 章节
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01
力场文件概述
力场文件在分子模拟中的作用 · 常见力场类型（AMBER · CHARMM
力场文件概述力场文件
02
版本控制基础
为什么力场文件需要版本管理 · 集中式与分布式版本控制系统对比 · Git的核心概念
版本控制基础为什么力场文件需…
03
Git安装与配置
跨平台安装Git · 全局配置（user.name/ema… · SSH密钥生成与绑定
Git安装
04
初始化力场仓库
git init与git clone · 工作目录-暂存区-仓库模型 · 第一个力场文件提交
初始化力场仓库git
05
基础操作
git status · git add · git commit
基础操作git
06
文件忽略策略
.gitignore配置 · 忽略力场中间文件 · 大文件（如拓扑文件）的存储建议
文件忽略策略gitignore
07
分支管理（上）
创建与切换分支 · 合并分支（fast-forward与… · 力场参数调整分支实践
分支管理创建
08
分支管理（下）
分支命名规范（feature/fix… · 删除分支 · 远程分支跟踪
分支管理feature/fix
09
冲突解决
力场文件合并冲突的产生场景 · 手动解决冲突 · 使用git mergetool
冲突解决力场文件合并冲突…
10
远程仓库协作
关联远程仓库（github/gitl… · push/pull/fetch操作 · 多用户协力场文件更新
远程仓库协作github/gitl
11
标签与版本发布
语义化版本号（SemVer） · 创建附注标签 · 通过标签快速回溯力场版本
标签版本发布
12
历史回溯与重置
git reset · git revert · git checkout的历史修改
历史回溯重置
13
交互式变基（rebase）
变基与合并的区别 · 在力场参数调优分支中使用rebase…
rebase交互式变基
14
子模块管理
利用Git子模块管理力场依赖库 · 更新与同步子模块的注意事项
子模块管理Git
15
Git Hooks自动化
pre-commit钩子检查力场文件… · post-commit触发自动备份 · 自定义脚本示例
GitHooks
16
持续集成（CI）集成
在GitHub Actions/Gi… · 基础测试运行
CI持续集成
17
力场文件格式校验
常用工具（如pdb2gmx · acpype）的版本管理 · 参数文件的lint检查集成
力场文件格式校验pdb2gmx
18
大文件存储（Git LFS）
力场文件中的大型拓扑/坐标文件的托管 · LFS安装与跟踪规则
GitLFS
19
源码托管平台选择
GitHub · GitLab · Gitee的功能对比
源码托管平台选择GitHub
20
代码审查流程
Pull Request/Merge… · 审查清单（参数一致性 · 命名规范）
代码审查流程Pull
21
备份与灾备
远程仓库冗余策略 · 自动备份脚本 · 灾难恢复流程（误删仓库
备份灾备
22
工作流模型（上）
Git Flow在力场项目中的适配 · main/develop/featu…
工作流模型Git
23
工作流模型（下）
GitHub Flow · GitLab Flow · Fork工作流的选择与对比
工作流模型GitHub
24
力场文件差异对比
git diff的高级用法 · 使用外部diff工具（Beyond… · Meld）
力场文件差异对比git
25
历史追溯与审计
通过git blame定位参数修改人 · 使用git bisect二分查找引入…
历史追溯审计
26
多仓库管理
多力场库的依赖关系 · 使用repo工具或subtree管理…
多仓库管理多力场库的依赖关…
27
版本迁移策略
旧版本力场文件的版本历史导入 · 从SVN/CVS到Git的迁移实战
版本迁移策略旧版本力场文件的…
28
团队规范与文档
编写CONTRIBUTING.md · 版本命名标准 · commit message规范（如…
团队规范文档
29
安全性管理
敏感信息（如API密钥）的过滤 · 使用git-secrets防止泄露 · 仓库访问权限控制
安全性管理API
30
综合案例实战
从零开始搭建一个开源力场库的版本管理… · CI · 发布
综合案例实战从零开始搭建一个…