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先导化合物优化实战讲义

共计 30 章节
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01
先导化合物概述
定义 · 重要性 · 来源（天然产物
先导化合物概述定义
02
先导化合物的发现策略
随机筛选 · 定向筛选 · 虚拟筛选
先导化合物的发现…随机筛选
03
先导化合物优化的基本原则
类药性 · 成药性 · 构效关系（SAR）的基本概念
先导化合物优化的…类药性
04
药物化学基础
官能团修饰 · 生物电子等排 · 骨架跃迁的经典策略
药物化学基础官能团修饰
05
构效关系分析方法
经典SAR的建立 · Free-Wilson分析 · Hansch分析
构效关系分析方法SAR
06
定量构效关系（QSAR）
2D-QSAR · 3D-QSAR（CoMFA · CoMSIA）的原理与操作
QSAR定量构效关系
07
分子对接与虚拟筛选
靶点结构准备 · 对接算法 · 打分函数的选择与评估
分子对接虚拟筛选
08
药效团模型
构建方法 · 验证策略 · 基于药效团的虚拟筛选
药效团模型构建方法
09
基于结构的药物设计
分子动力学模拟 · 结合自由能计算（MM-PBSA/GB…
基于结构的药物设…分子动力学模拟
10
基于片段的药物设计
片段库构建 · 片段筛选 · 片段生长与连接
基于片段的药物设…片段库构建
11
ADMET性质优化概述
吸收 · 分布 · 代谢
ADMET性质优化概述
12
代谢稳定性优化
CYP酶代谢位点预测 · 结构修饰策略 · 前药设计
代谢稳定性优化CYP
13
溶解度与渗透性优化
pH依赖性 · 盐型选择 · 共晶
溶解度渗透性优化
14
毒性规避
hERG抑制 · 肝脏毒性 · 遗传毒性的风险评估与结构改造
毒性规避hERG
15
选择性优化
靶点选择性 · 亚型选择性 · 多靶点调控策略
选择性优化靶点选择性
16
先导化合物的多样性设计
组合化学 · DNA编码库 · 多样性导向合成
先导化合物的多样…组合化学
17
计算机辅助药物设计概论
常用软件（Schrödinger · MOE · AutoDock）
计算机辅助药物设…Schr
18
分子描述符与指纹
计算 · 选择 · 在QSAR和相似性搜索中的应用
分子描述符指纹
19
机器学习在药物优化中的应用
分类回归模型 · 随机森林 · SVM
机器学习药物优化
20
生成式模型与逆合成
变分自编码器 · 生成对抗网络 · 强化学习在分子生成中的实践
生成式模型逆合成
21
基于配体的虚拟筛选
相似性搜索（Tanimoto） · 药效团搜索 · 形状匹配
基于配体的虚拟筛…Tanimoto
22
基于靶点的虚拟筛选
分子对接 · 共晶结构分析 · 水分子介导作用
基于靶点的虚拟筛…分子对接
23
自由能微扰（FEP）在优化中的应用
理论原理 · 计算设置 · 案例分析
FEP自由能微扰
24
先导化合物的生物活性测试
体外活性筛选（IC50 · EC50） · 选择性评价
先导化合物的生物…IC50
25
先导化合物的作用机制研究
靶点验证（敲除/敲入） · 结合模式解析 · 信号通路确认
先导化合物的作用…靶点验证
26
先导化合物的体内药效评价
动物模型选择 · PK/PD研究 · 治疗窗口评估
先导化合物的体内…动物模型选择
27
先导化合物优化案例一
激酶抑制剂（如EGFR · CDK）的优化历程
先导化合物优化案…EGFR
28
先导化合物优化案例二
GPCR配体（如阿片受体 · 多巴胺受体）的优化
先导化合物优化案…GPCR
29
先导化合物优化案例三
蛋白酶抑制剂（如新冠病毒主蛋白酶 · HIV蛋白酶）的优化
先导化合物优化案…蛋白酶抑制剂
30
趋势与展望
AI驱动的自动化药物设计 · 大数据与精准医疗 · 未来挑战
趋势AI