证据强度等级：从PVS1到BP6
证据强度这东西，说白了就是给每个变异打一个「可信度分数」。ACMG把这个分数分成了七个档，从极强到支持。嗯，我个人习惯把这套体系想象成一个天平——致病性证据在左边，良性证据在右边。你往哪边加砝码，最终结论就倾向哪边。
我先亮出这张强度谱系图，你一看就明白。
图看完了，咱们一个一个来说。每个证据代码背后都是一条经验法则，有的来自我实验台前的血泪教训，有的来自文献里反复验证的结论。
PVS1：极强致病性证据
PVS1是唯一一个「极强」级别。它适用什么场景？无功能变异——也就是移码突变、无义突变、经典剪接位点突变，这些变异直接导致蛋白功能丧失。
但注意了，不是所有无功能变异都能上PVS1。我个人习惯先问三个问题：
- 这个基因是不是完全依赖功能丧失机制致病？
- 该转录本在相关组织中是否正常表达？
- 是否位于蛋白关键功能域之外，能被NMD逃逸？
我曾经过一个有案例，一个无义突变出现在基因的最后一个外显子，按理说是PVS1。但我查了NMD预测——逃逸了。结果这个变异根本不影响蛋白功能，最后被降级。你想想看，如果盲信PVS1，就会出大错。
我曾经以为PVS1加了就稳了，结果忽略了NMD预测。无功能变异出现在倒数第二个外显子或3'端时，NMD可能不激活。一定要过一遍NMD预测工具。另外，基因的单倍体剂量敏感性也很关键——如果杂合缺失不致病，PVS1不能直接用。
PS1–PS4：强致病性证据
这四个代码，每个对应一类具体的实验或统计线索：
| 代码 | 名称 | 典型场景 | 注意点 |
|---|---|---|---|
| PS1 | 相同氨基酸改变 | 同一密码子上的不同碱基变异，已有致病记录 | 必须是相同氨基酸替换 |
| PS2 | 家系共分离 | 患者中de novo变异（先证者和父母均有表型） | 必须是新发，且排除亲缘关系错误 |
| PS3 | 功能研究支持 | |
需要有明确的损伤效应 |
| PS4 | 病例对照研究 | 等位基因频率显著高于对照 | OR值 > 5.0 通常可考虑 |
我个人觉得PS2是最容易出错的。为什么？你以为拿到了一个新发突变，但父母样本的嵌合体、亲子关系不一致、测序深度不够——这些都会导致假阳性。我的习惯是：可疑de novo必须做双端验证+STR身份鉴定，不然不要轻易给PS2。
PM1–PM6：中等致病性证据
中等证据就像是「我有理由怀疑，但还不够确信」。我列一个快速参考表：
- PM1：变异位于关键功能域或热点区域（比如激酶活性位点、锌指结构域）
- PM2：在对照人群中极低频或缺失。注意，不要直接拿gnomAD全局频率——要用匹配的亚人群频率。
- PM3：隐性遗传病中，与另一个已知致病突变呈反式。这个软件可以做：
# 使用VEP + SpliceAI进行顺反式判断
# 需要 vcf 文件 + 已知致病位点列表
vep -i input.vcf -o vep_output.txt \
--plugin SpliceAI,snv=1,indel=0 \
--custom known_pathogenic.bed,gz,bed,overlap,0- PM4：非重复区域的框内插入/缺失导致蛋白长度变化。
- PM5：相同密码子上另一错义变异已致病。
- PM6：疑似新生突变，但亲本验证不完全（比如仅检测一方父母）。
PM2 和 PM4 经常搭配使用。我在项目中遇到一个框内缺失，频率几乎为零，又位于蛋白的α螺旋域。PM2 + PM4 + PM1 就是「中等+中等+中等」的组合。记住一个经验：三个中等证据可以叠加为一个强致病性证据。这个叠加逻辑后面章节会专门讲。
PP1–PP5：支持致病性证据
支持级别就是「有点意思，但还不够硬」。常见场景：
- PP1：家系中共分离，但样本量小（少于5个患病成员）
- PP2：同一基因中已有很多错义致病突变，而不是失活突变（指示显性负效应）
- PP3：多种生物信息学工具一致预测为有害。我用的是这个组合：
工具推荐：
- REVEL（综合最稳，建议>=0.5）
- CADD（PHRED >=20）
- M-CAP（用于罕见变异，灵敏度高）- PP4：患者表型与基因已知疾病高度特异。这个主观性强，我建议只在表型非常罕见时才用。
- PP5：已被其他可靠数据库记录为致病。这个代码在ACMG次要版本中被移除了，但早期版本中还在用。
BA1、BS1–BS4、BP1–BP6：良性证据
良性证据这边，你很容易就能拿到。我先说一个最常见的陷阱。
BA1：独立强良证据
BA1是良性证据中最强的一档。什么时候用？群体频率超出预期。具体阈值怎么定？
对于常染色体显性遗传病：
- 患病率 < 1/2000 → 频率 > 0.05% 即可BA1
- 患病率 < 1/10000 → 频率 > 0.01% 即可BA1
对于隐性遗传病：
频率阈值可以放宽到0.5%~1%我曾经在gnomAD上看到一个错义突变频率是0.08%，觉得不高就没给BA1。后来查了该疾病的患病率是1/100000——按公式计算，允许频率上限只有0.005%。这个突变显然该给BA1。务必根据疾病患病率动态调整阈值。
BS1–BS4：强良证据
- BS1：频率高于疾病预期，但未达到BA1的程度
- BS2：在健康成年人中观察到纯合或杂合状态（需排除外显不全）
- BS3：功能研究无效应
- BS4：家系中不共分离
BP1–BP6：支持良证据
- BP1：错义变异发生在以截短突变为唯一致病机制的基因中
- BP2：与已知致病突变呈顺式
- BP3：重复区域内框内插入/缺失，且不确定影响
- BP4：多种生物信息学工具一致预测为良性
- BP5：在其他基因座上已有明确致病突变，当前变异可能是旁观者
- BP6：可靠数据库记录为良性（这颗代码也在后期更新中被移除）
三句话口诀收尾
为了让你记得住，我给一个我自己的记忆口诀：
| 类别 | 口诀 |
|---|---|
| 致病 | |
| 良性 | |
嗯，这就是证据强度等级的全部框架了。你把这些代码吃透，后面组合逻辑和判定树才能真正用得起来。这些代码不只是分类标签，它们是你在解读每个变异时最硬的底牌。