第2章 安装Cromwell与MiniWDL：搭建你的第一个运行环境
工欲善其事，必先利其器。写好了WDL脚本，总得有个地方跑起来看看效果吧？
这一章，我们就来把两个最常用的WDL执行引擎装上——Cromwell和MiniWDL。前者是生产环境的主力，后者是本地调试的利器。我个人建议，初学者两个都装，先用MiniWDL快速验证逻辑，再用Cromwell跑正式任务。
2.1 环境准备：先看看你的机器够不够格
别急着装，先确认三件事：Java、操作系统和网络。我踩过的最大的坑，就是Java版本不对。
| 依赖项 | 最低要求 | 推荐版本 | 备注 |
|---|---|---|---|
| Java | Java 8 | Java 11 或 Java 17 | Cromwell对Java 8支持已逐步减弱 |
| 操作系统 | Linux / macOS / Windows | Ubuntu 20.04+ 或 macOS 12+ | Windows建议用WSL2 |
| 网络 | 可访问GitHub和Docker Hub | 稳定的外网连接 | 下载JAR和拉取镜像需要 |
| 磁盘空间 | 5GB | 20GB+ | Cromwell运行时会生成中间文件 |
java -version。如果看到“openjdk version 11.0.x”或者“1.8.x”，基本就稳了。如果是Java 7或更老，请先升级。
2.2 安装Cromwell：下载一个JAR包就够了
Cromwell是一个Java应用，说白了就是一个可执行的JAR文件。不需要编译，不需要安装包，下载即用。
2.2.1 获取最新版JAR
我每次装新环境时，都直接去GitHub的Release页面。也可以命令行搞定：
# 下载最新稳定版（以86版本为例）
wget https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/86/cromwell-86.jar
# 或者用curl
curl -L -o cromwell-86.jar \
https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/86/cromwell-86.jar2.2.2 运行Cromwell服务器模式
下载完成后，用一行命令就能启动：
java -jar cromwell-86.jar server你会看到一堆日志刷刷刷地往上翻。别慌，等到出现类似下面的信息，就说明启动成功了：
[info] Server: 启动完成
[info] Swagger UI: http://localhost:8000
[info] API 文档: http://localhost:8000/api这时候打开浏览器，访问 http://localhost:8000，能看到Cromwell的Swagger交互界面。嗯，这里只是告诉你它活了，具体怎么用，我们下一章再聊。
2.2.3 单次运行模式（更适合测试）
如果只是跑一个WDL试试，可以不启动服务器，用单次模式：
java -jar cromwell-86.jar run my_workflow.wdl这种模式跑完就退出，不需要手动停服务。我个人习惯在调试阶段用单次模式，省事。
2.3 安装MiniWDL：要的就是轻量
MiniWDL是Cromwell的“弟弟”，专为本地快速调试设计。它不需要Java，只用Python就能跑。说实话，我80%的WDL调试工作都是在MiniWDL上完成的，Cromwell只用来跑最终版本。
2.3.1 Python环境准备
MiniWDL基于Python 3，确保你装了Python 3.6或更高版本：
python3 --version如果没装，别急。用系统包管理器或去python.org下载一个。
2.3.2 pip安装MiniWDL
这是我写过的最短的安装命令：
pip install miniwdl或者指定版本：
pip install miniwdl==1.10.1python3 -m venv wdl_env 先创建一个独立环境。
2.3.3 验证安装
装好之后，试试看：
miniwdl --version如果输出类似 miniwdl 1.10.1，就搞定了。
2.3.4 跑一个Hello World
我们来写个最简单的WDL，验证一下整个链条：
version 1.0
workflow hello {
call hello_task
}
task hello_task {
command {
echo "Hello, WDL World!"
}
output {
String out = read_string(stdout())
}
}保存为 hello.wdl，然后用MiniWDL执行：
miniwdl run hello.wdl如果一切顺利，你会看到类似这样的输出：
...
[2025-01-15 10:23:45] outputs:
{
"hello.hello_task.out": "Hello, WDL World!"
}看到这个输出，就说明你的WDL环境已经配好了。是不是很简单？
2.4 安装后的验证清单
我曾碰到过一个同事，装完Cromwell后直接用，结果跑了一整天发现任务一直在排队——原来是服务器没启动。为了避免这种低级错误，建议每次装完后跑一遍下面的验证：
- Cromwell服务器模式： 启动后访问
http://localhost:8000，确认Swagger页面能打开。 - Cromwell单次模式： 用上面那个hello.wdl跑一次，看能否正常输出。
- MiniWDL： 同样的WDL，用
miniwdl run hello.wdl跑一遍。 - Java版本确认：
java -version确认是11或17。 - Python版本确认：
python3 --version确认3.6+。
关键提醒： 如果Cromwell启动时报错“Java heap space”，说明你的内存不够。可以在启动命令里加参数：java -Xmx4g -jar cromwell-86.jar server，把堆内存上限提高到4GB。
2.5 知识结构一览
为了让你对整个安装体系有个直观印象，我画了张图。你想想看，这个安装过程其实就三块：环境检查、Cromwell安装、MiniWDL安装。
装好这两个工具，你已经搭建起了WDL开发的基本环境。后面的章节里，我们会在这两个引擎上反复练习。记住，MiniWDL是你的调试伙伴，Cromwell是正式工作的主力。两者配合，事半功倍。