环境准备：本地Docker、Cromwell安装、虚拟机设置

说实话，很多混合云迁移项目最后栽在第一步——环境没搭利索。我见过团队花了两周调Cromwell，结果发现是Docker版本不兼容，一怒之下全重装了。咱们别走那个弯路。

这一章的目标很简单：在你的本地机器上搭出一个能跑Cromwell的最小环境。包括三块——Docker、Cromwell本体、还有必须的虚拟机/云主机连通配置。我会按我自己的安装流水线来讲，你跟着做就行。

基础设施概览

先看整体逻辑，心里有个谱：

第一步：安装 Docker

Docker 这东西现在基本成了基础设施标配。但我建议你别图省事直接 apt install docker.io，那种版本经常落后一两个大版本。我习惯从官方仓库装，干净又可控。

Ubuntu 下标准操作：

sudo apt update
sudo apt install -y ca-certificates curl gnupg lsb-release
sudo mkdir -p /etc/apt/keyrings
curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo gpg --dearmor -o /etc/apt/keyrings/docker.gpg
echo "deb [arch=$(dpkg --print-architecture) signed-by=/etc/apt/keyrings/docker.gpg] https://download.docker.com/linux/ubuntu $(lsb_release -cs) stable" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list > /dev/null
sudo apt update
sudo apt install -y docker-ce docker-ce-cli containerd.io docker-compose-plugin

装完别忘了把当前用户加入 docker 组，省得每次 sudo：

sudo usermod -aG docker $USER
newgrp docker   # 或者重新登录一次

第二步：安装 Cromwell

Cromwell 本质是个 Java 应用，一个 JAR 包搞定。我个人喜欢直接下载最新版，而不是用包管理器：

wget https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/87/cromwell-87.jar
mv cromwell-87.jar /opt/cromwell/

然后你需要一个配置文件。Cromwell 默认会连本地 H2 数据库，但混合云场景我强烈建议用 MySQL 或 PostgreSQL，后面任务多了 H2 扛不住。这是我的最小配置模板：

# cromwell.conf
include required(classpath("application"))

backend {
  default = "Local"
  providers {
    Local {
      actor-factory = "cromwell.backend.impl.sfs.config.ConfigBackendLifecycleActorFactory"
      config {
        root = "/mnt/cromwell-workflow-root"
        filesystems {
          local {
            localization = "copy"
          }
        }
      }
    }
  }
}

database {
  profile = "slick.jdbc.MySQLProfile$"
  db {
    driver = "com.mysql.cj.jdbc.Driver"
    url = "jdbc:mysql://localhost:3306/cromwell?useSSL=false&allowPublicKeyRetrieval=true"
    user = "cromwell"
    password = "your_password"
    connectionTimeout = 5000
  }
}

启动 Cromwell：

java -jar /opt/cromwell/cromwell-87.jar server --config /etc/cromwell/cromwell.conf

等几秒钟，看到日志输出 Server running at http://0.0.0.0:8000 就说明成功了。我记得有一次配置里漏写了数据库驱动，启动直接报错，查了半天才发现是 mysql-connector-java 没放到类路径里。所以如果你用 MySQL，记得额外下载 jar 放到 lib 目录：

wget https://repo1.maven.org/maven2/mysql/mysql-connector-java/8.0.33/mysql-connector-java-8.0.33.jar
java -cp "/opt/cromwell/cromwell-87.jar:/opt/cromwell/lib/*" cromwell.CromwellApp server --config /etc/cromwell/cromwell.conf

第三步：配置虚拟机 / 云主机

Cromwell 只负责调度，实际干活的是远程机器。我常用的模式是：在本地或跳板机跑 Cromwell，然后通过 SSH 把任务发到一台或多台 Ubuntu 22.04 云主机上。

你需要确保远程机器满足这些条件：

项目	最低要求	推荐配置
操作系统	Ubuntu 18.04 / CentOS 7	Ubuntu 22.04 LTS / Rocky Linux 9
CPU	2 核	8 核以上
内存	4 GB	16 GB + 交换空间
磁盘	40 GB（系统 + 临时数据）	200 GB SSD + 单独数据盘
网络	SSH 端口可达（默认 22）	内网 VPC + 安全组放行 22、8000
运行时	Docker CE 20.10+	Docker CE 24+

关键的 SSH 配置。我通常创建一个专用用户 cromwell 并配好密钥：

# 在远程机器上
sudo useradd -m -s /bin/bash cromwell
sudo mkdir -p ~cromwell/.ssh
echo "ssh-rsa AAA... your-public-key" | sudo tee ~cromwell/.ssh/authorized_keys
sudo chmod 600 ~cromwell/.ssh/authorized_keys
sudo chown -R cromwell:cromwell ~cromwell/.ssh

# 允许该用户执行 docker（重要）
sudo usermod -aG docker cromwell

然后在 Cromwell 的配置里加一个 SSH 后端。我给个简化示例：

# cromwell.conf 增加 backend provider
backend {
  default = "SshBackend"
  providers {
    SshBackend {
      actor-factory = "cromwell.backend.impl.sfs.config.SshBackendLifecycleActorFactory"
      config {
        root = "/home/cromwell/cromwell-root"
        filesystems {
          local {
            localization = "copy"
          }
        }
        connection {
          host = "10.0.1.100"
          user = "cromwell"
          key-file = "/home/youruser/.ssh/id_rsa"
          timeout = 30
        }
      }
    }
  }
}

验证端到端连通性

环境都搭好了，咱们跑个最小的 WDL 测试一下：

# hello.wdl
workflow hello {
  call sayHello
}
task sayHello {
  command {
    echo "Hello from Cromwell!"
  }
  output {
    String out = read_string(stdout())
  }
  runtime {
    docker: "ubuntu:latest"
  }
}

提交任务：

curl -X POST http://localhost:8000/api/workflows/v1 \
  -F workflowSource=@hello.wdl \
  -F workflowInputs={}

如果一切顺利，你会得到类似这样的返回：

{
  "id": "a1b2c3d4-...",
  "status": "Submitted"
}

然后轮询状态：

curl -s http://localhost:8000/api/workflows/v1/a1b2c3d4-.../status

看到 "Succeeded" 的那一刻，环境准备就算彻底完成了。嗯，其实还有一种更快的验证方式——直接看日志里有没有明晃晃的 Backend initialization complete.。

常见问题速查

1. Docker daemon 没启动 → 手动跑 sudo systemctl start docker && sudo systemctl enable docker
2. Cromwell 启动报数据库连接失败 → 检查 MySQL 是否允许远程连接，以及 cromwell 用户是否有建表权限
3. 任务卡在 Queued 状态 → 大概率 SSH 连不上远程主机，先手动 ssh cromwell@10.0.1.100 试试
4. 容器退出的错误码 125/137 → 通常是资源限制导致 OOM，检查远程机器的 docker info 中内存限制是否打开