VIP20
本课程属于：015-BLAST基因组功能注释 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

GPU加速BLAST部署与调优实践

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
BLAST基础
BLAST算法原理与常用变体（BLA… · BLASTp · BLASTx等）
BLASTBLA
02
GPU计算基础
GPU架构简介 · CUDA编程模型与线程层次
GPU计算基础
03
GPU加速BLAST概述
为什么需要GPU加速 · cuBLAST与经典BLAST+的对…
GPUBLAST
04
环境准备
安装Ubuntu系统 · NVIDIA驱动 · CUDA Toolkit与cuDNN
环境准备Ubuntu
05
cuBLAST安装
从源码编译与使用预编译包的完整步骤
cuBLAST安装
06
BLAST数据库格式与下载
NR · NT等公共数据库的获取 · 格式化（makeblastdb）
BLAST数据库格式
07
基础BLAST命令行使用
BLAST常用参数（-query · -db · -outfmt
BLAST命令行使用
08
使用cuBLAST运行序列比对
基本命令 · 指定GPU设备与输出结果
cuBLAST使用
09
GPU与CPU性能对比测试
设计基准测试 · 统计加速比与能效比
GPUCPU
10
BLAST核心参数对性能的影响
E-value · word size · gap costs
BLAST核心参数对性能的…
11
CUDA流与并发
利用多GPU卡 · 多流最大化吞吐量
CUDA并发
12
数据库分片策略
将大型BLAST数据库分块以适配GP…
数据库分片策略BLAST
13
查询序列分片
批量提交大量短查询或长查询 · 避免显存溢出
查询序列分片批量提交大量短查…
14
内存管理优化
主机与GPU间数据传输的异步与流水线…
内存管理优化GPU
15
cuBLAST高级参数详解
-gpu · -device · -batch
cuBLAST高级参数详解
16
性能分析工具
使用nvprof · Nsight Systems与Nsi…
性能分析工具nvprof
17
瓶颈识别
区分计算瓶颈 · 内存带宽瓶颈 · I/O瓶颈的实操方法
瓶颈识别区分计算瓶颈
18
调优案例1
短序列（如16S rRNA）比对吞吐…
调优案例1rRNA
19
调优案例2
长序列（如基因组）比对时的时间与显存…
调优案例2长序列
20
混合精度计算
在cuBLAST中启用FP16或TF…
混合精度计算cuBLAST
21
多GPU系统部署
在SLURM作业调度系统下配置多GP…
GPU系统部署
22
容器化部署
使用Docker + NVIDIA…
容器化部署Docker
23
与主流工作流集成
将cuBLAST嵌入Galaxy · Nextflow · Snakemake等平台
主流工作流集成cuBLAST
24
错误处理与调试
常见GPU错误（out of mem… · kernel launch fail…
错误处理调试
25
日志与监控
收集cuBLAST运行日志 · GPU利用率 · 温度
日志监控
26
版本兼容性
不同CUDA版本 · cuBLAST版本与BLAST+版本…
版本兼容性CUDA
27
安全性考虑
多用户环境下GPU资源隔离与权限控制
安全性考虑GPU
28
成本估算
比较裸机 · 自建集群与云端GPU实例（AWS · 阿里云）的TCO
成本估算比较裸机
29
实战项目
搭建一个完整的GPU加速BLAST服…
实战项目GPU
30
总结与未来趋势
GPU加速BLAST的技术路线图 · AI辅助比对的展望
未来趋势GPU