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BLAST细菌基因组注释与相似性分析

共计 30 章节
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01
课程导论
细菌全基因组BLAST注释的背景 · 意义与应用场景
课程导论BLAST
02
BLAST基本原理
算法核心（种子-延伸-打分） · E-value与Score含义
BLAST基本原理
03
BLAST+工具套件介绍
blastn · blastp · blastx
BLAST+工具套件介绍
04
环境搭建
在Linux/Windows/Mac… · 配置PATH与环境变量
环境搭建Linux/Window…
05
获取细菌基因组数据
从NCBI GenBank · RefSeq · ENA下载基因组FASTA文件
获取细菌基因组数…NCBI
06
构建本地BLAST数据库
makeblastdb命令详解 · 设置数据库标题与类型
BLAST构建本地
07
实战第一步
用blastn比对细菌全基因组与参考…
实战第一步blastn
08
结果格式解析
pairwise格式 · Tabular格式 · XML格式
结果格式解析pairwise
09
结果过滤与排序
基于E-value · Identity · Query Coverage筛选高置…
结果过滤排序
10
Python读取BLAST结果
使用BioPython的BlastP…
PythonBLAST
11
批量BLAST脚本编写
循环处理多个查询序列 · 保存结果到文件
BLAST批量
12
多线程加速BLAST
调整-num_threads参数 · 并行提交任务
BLAST多线程加速
13
注释流程框架
从BLAST匹配到Gene Onto…
注释流程框架BLAST
14
基因预测与BLAST整合
使用Prodigal预测CDS · 再对蛋白序列进行blastp
BLAST基因预测
15
公共数据库的选择
nr · nt · Swiss-Prot
公共数据库的选择nr
16
构建自定义参考数据库
提取模式菌株核心基因 · 制作专属库
构建自定义参考数…提取模式菌株核心…
17
去除冗余匹配
用cd-hit或BLASTclust… · 保留代表性序列
去除冗余匹配cd-hit
18
可视化BLAST结果
用Krona绘制物种分类圈图 · 用Python+matplotlib…
BLAST可视化
19
管道自动化
用Snakemake或Nextflo…
管道自动化Snakemake
20
实战完整脚本
从基因组FASTA到功能注释表格的P…
实战完整脚本FASTA
21
非编码RNA注释
用BLAST预测rRNA · tRNA · 结合Infernal验证
RNA非编码
22
抗性基因检测
使用CARD · ResFinder数据库进行blas…
抗性基因检测CARD
23
毒力因子鉴定
基于VFDB数据库的tblastx快…
毒力因子鉴定VFDB
24
质粒与噬菌体序列识别
比对自定义质粒库 · 区分染色体与质粒
质粒噬菌体序列识别
25
平均核苷酸一致性（ANI）计算
用BLAST碎片法估计种间关系
ANI平均核苷酸一致性
26
结果导出与报告
将BLAST输出转为Excel/CS… · 添加统计摘要
结果导出报告
27
同源基因提取
基于BLAST双向最佳匹配提取直系同…
同源基因提取BLAST
28
常见错误与调试
内存不足 · 数据库损坏 · 格式不匹配
常见错误调试
29
性能优化策略
分块BLAST · 使用索引 · 缓存中间结果
性能优化策略BLAST
30
课程总结与扩展
元基因组BLAST · 云端部署（AWS/Google Cl… · 深度学习融合展望
课程总结扩展