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BLAST序列比对算法与本地计算部署

共计 30 章节
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01
序列比对基础
什么是序列比对 · 生物学意义 · 应用场景
序列比对基础什么是序列比对
02
全局与局部比对
Needleman-Wunsch与S…
全局局部比对
03
BLAST算法概述
发展历史 · 设计思想与核心创新
BLAST算法概述
04
BLAST核心步骤
词索引（word indexing） · 种子匹配 · 延伸
BLAST核心步骤
05
Word大小选择
敏感性与特异性的权衡 · 不同场景下的推荐值
Word大小选择
06
评分矩阵详解
PAM与BLOSUM矩阵的生物学含义…
评分矩阵详解PAM
07
统计显著性指标
E-value · bit score · P-value的计算与解读
统计显著性指标E-value
08
BLAST变种介绍
BLASTN · BLASTP · BLASTX
BLAST变种介绍
09
蛋白质比对实战
BLASTP参数调优与结构域识别技巧
蛋白质比对实战BLASTP
10
DNA比对实战
BLASTN参数调整与重复序列过滤方…
DNA比对实战
11
翻译比对原理
BLASTX与TBLASTN的六框翻…
翻译比对原理BLASTX
12
数据库构建
makeblastdb命令详解 · 索引参数与格式选择
数据库构建makeblastdb
13
BLAST命令行工具
常用参数（-evalue · -word_size · -matrix）实践
BLAST命令行工具
14
输出格式解析
pairwise · tabular · XML
输出格式解析pairwise
15
性能优化策略
多线程 · 任务拆分 · 内存索引加速
性能优化策略多线程
16
BLAST vs 其他工具
FASTA · HMMER · DIAMOND的优劣势对比
BLASTvs
17
本地化部署
NCBI BLAST+安装 · 环境配置与测试
本地化部署NCBI
18
基因组注释应用
用BLAST预测基因 · 识别同源序列
基因组注释应用BLAST
19
系统发育应用
基于BLAST构建进化树与序列相似性…
系统发育应用BLAST
20
宏基因组学应用
物种分类（MEGAN）与功能注释（K…
宏基因组学应用MEGAN
21
蛋白质结构预测应用
模板搜索与同源建模（Modeller…
蛋白质结构预测应…Modeller
22
BLAST的局限性
低复杂度区域假阳性 · gap处理 · 速度瓶颈
BLAST的局限性
23
BLAST改进版
CS-BLAST · BLAST+新特性 · DIAMOND加速
BLAST改进版
24
PSI-BLAST原理
位置特异性评分矩阵（PSSM）迭代构…
PSI-BLAST原理
25
DELTA-BLAST
利用保守结构域数据库提升远源同源检测
DELTA-BLAST利用保守结构域数…
26
序列聚类预处理
CD-HIT · USEARCH减少冗余查询
序列聚类预处理CD-HIT
27
结果可视化
Circos · IGV · MView展示比对区域
结果可视化Circos
28
大数据挑战
SparkBLAST · Hadoop分布式比对方案
大数据挑战SparkBLAST
29
Python接口
Biopython调用BLAST · 解析结果自动化脚本
Python接口
30
实验设计
参数组合优化 · 结果验证与常见错误规避
实验设计参数组合优化