1. ADMET 概念与重要性归纳总结

做药物研发的朋友,一定听过这句话:“一个候选分子,在早期死掉比在临床死掉好”。

这个“死掉”指的就是ADMET 性质不过关。

我这些年经手的项目里,至少有一半的分子不是活性不够,而是因为吸收太差、代谢太快、或者毒性太高,最终被淘汰。

所以,在咱们这门《交叉验证在ADMET模型评估中的应用》课程开始之前,必须先弄清楚ADMET是什么,它到底有多重要。否则你后面做交叉验证,也会云里雾里。

本章核心:理解 ADMET 是药物研发成败的关键瓶颈,掌握它的基本概念,为后续构建和评估预测模型打下基础。

1.1 什么是 ADMET?

ADMET 是五个英文单词的首字母缩写。你可以把它理解成一个候选药物在体内的“通关之旅”。

  1. A - 吸收 (Absorption):药物从给药部位进入血液循环的过程。比如口服药,得先被肠道吸收才能发挥作用。我记得有一次,我们筛选了一个活性极高的化合物,但灌胃给药后,血药浓度几乎为零,白白浪费了三个月时间。
  2. D - 分布 (Distribution):药物吸收入血后,在全身组织器官中分布的情况。它会跑到肝脏?还是大脑?能不能到达病灶?
  3. M - 代谢 (Metabolism):药物在体内被酶(主要是肝脏CYP450酶系)分解的过程。代谢太快,药效维持时间短;代谢太慢,又可能引起毒副作用。
  4. E - 排泄 (Excretion):药物及其代谢物从体内清除出去的过程。主要是通过肾脏(尿液)和肝脏(胆汁)排出。
  5. T - 毒性 (Toxicity):除了治疗作用外,药物对机体产生的不良反应。包括肝毒性、心脏毒性、遗传毒性等等。这是最致命的一环。

说白了,ADMET 就是一个分子从给药到彻底离开人体的完整经历。任何一个环节出问题,都可能前功尽弃。

1.2 为什么 ADMET 如此重要?

你可能觉得,我只要把活性做得足够高不就行了?嗯,事实远没那么简单。

我个人的一个习惯是,在看到一个新分子的活性数据时,会不自主地去查它的 LogP(脂水分配系数)和分子量。为什么?因为这两个数值往往暗示这个分子未来的命运。

下面这个表格,我想应该能让你更直观地认识到问题的严重性。

研发阶段 失败原因占比 主要ADMET问题
临床前 ~40% 毒性(肝、心脏)、代谢稳定性差
临床 I 期 ~30% 药代动力学(ADME)不佳、安全性问题
临床 II/III 期 ~50% 缺乏有效性(可能与分布/代谢有关)、毒性
表1:药物研发不同阶段因ADMET问题导致的失败比例(基于行业公开数据整理)

你想想看,如果一个分子在临床前就因为肝毒性被毙掉,最多损失几万到几十万的实验费用。但如果是到了 III 期临床才发现心脏毒性(QT 延长),那损失就是以亿为单位计算了。

所以我经常跟团队里的小朋友讲:“ADMET 预测模型不是锦上添花,它是救命的”。它能帮我们在合成第一个化合物之前,就把那些不靠谱的分子给过滤掉。

我曾经踩过的坑: 早年我接手过一个项目,目标蛋白是个激酶。团队花了一年时间优化活性,得到了一个 IC50 达到纳摩尔级别的分子。结果进动物实验,大鼠给药后半小时就死了——急性毒性太强。后来一查,这个分子对 hERG(心脏钾离子通道)的抑制活性比靶点还高。如果当时有个靠谱的 hERG 预测模型,这半年的人力物力就能省下来。

1.3 ADMET 预测的意义与挑战

传统上,ADMET 性质靠实验测定。比如测 Caco-2 细胞渗透性来评估吸收,测肝微粒体稳定性来评估代谢。但问题也很明显:

  • 通量低:一次合成几百个分子,不可能全部测一遍。
  • 成本高:一个完整的体外 ADMET 测试组合,单化合物成本可能上千美元。
  • 周期长:测一个点的数据可能要等几周。

所以,计算 ADMET (in silico ADMET) 预测就成为了关键武器。它可以用机器学习模型,基于分子结构,快速预测出它的各项 ADMET 性质。

但这里有个核心问题:模型预测的准不准? 这就引出了我们这门课的主角——交叉验证。

下面这个图,我把 ADMET 预测的核心逻辑画了一下,你可以看看它是如何融入整个研发流程的。

ADMET 预测在药物研发中的核心位置 化合物库 虚拟筛选/设计 ADMET 预测 A, D, M, E, T 候选分子 反馈优化化合物结构 体外/体内实验验证 Caco-2, 微粒体, hERG, 动物实验 最终决策 进入临床 or 放弃 关键:交叉验证用于评估ADMET预测模型的泛化能力,确保预测结果可靠 避免“看起来准,用起来不准”的模型陷阱

图中清晰地展示了:化合物库经过 ADMET 预测初步筛选,选出少数分子进入实验验证,然后根据实验结果反馈优化化合物结构,形成一个 “设计-预测-验证-优化” 的闭环。而交叉验证,就是为了保证那个“ADMET 预测”环节是可靠的。

1.4 我们面临的核心问题

模型是从数据中学出来的。但数据总是不够完美。比如:

  • 数据量小:很多毒性实验数据只有几百个样本。
  • 数据不平衡:有毒的分子远少于无毒的。
  • 数据噪音大:不同实验室测出来的结果可能相悖。

所以,你拿一部分数据训练出来的模型,如果只会死记硬背,换个新分子就容易翻车。这就是 过拟合。

怎么避免?最直接的方法就是交叉验证:把数据分成K份,轮流拿K-1份训练、1份验证,重复K次,最后用平均指标评估模型好坏。

一个小习惯: 我个人在做任何分类模型时,第一件事就是拿 5 折交叉验证跑一下。如果 AUC 值波动很大(比如从0.6到0.95),我就知道这个数据集有问题,或者模型不稳定。这时候去调参或者换算法才有意义。

现在,你应该明白了:ADMET 是一个决定药物生死的关键属性,而交叉验证是判断我们预测模型是否可靠的基石。后面的内容,就是围绕如何把交叉验证跟 ADMET 模型评估结合好,一步步展开。