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RNA-seq定量分析Nextflow完整案例

共计 30 章节
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01
RNA-seq分析概述与Nextflow简介
RNA-seq分析概述与Nextflow… · 核心概念 · 实践要点
RNA-seqNextflow
02
环境搭建
安装Nextflow和Docker/…
环境搭建Nextflow
03
实验设计
数据获取与参考基因组准备
实验设计数据获取
04
质量评估
原始测序数据的QC与FastQC
质量评估QC
05
数据清洗
Trimmomatic或cutada…
数据清洗Trimmomatic
06
比对工具选择
HISAT2 · STAR · Salmon等对比
比对工具选择HISAT2
07
基于STAR的比对流程设计与实现
基于STAR的比对流程设计与实现 · 核心概念 · 实践要点
STAR基于
08
定量策略
基于featureCounts的基因…
定量策略featureCount…
09
Nextflow核心概念
进程 · 通道 · 参数
Nextflow核心概念
10
编写第一个Nextflow RNA-seq流程
编写第一个Nextflow RNA-se… · 核心概念 · 实践要点
NextflowRNA-seq
11
模块化设计
分离QC · 比对 · 定量模块
模块化设计QC
12
使用配置文件管理参数
使用配置文件管理参数 · 核心概念 · 实践要点
使用配置文件管理…重点
13
容器化
编写Dockerfile并集成Sin…
容器化Dockerfile
14
并行执行与资源管理
并行执行与资源管理 · 核心概念 · 实践要点
并行执行资源管理
15
流程调试
日志 · 错误处理与重试机制
流程调试日志
16
结果聚合
生成表达矩阵与QC报告
结果聚合QC
17
差异表达分析简介与工具选择（DESeq2等）
差异表达分析简介与工具选择（DESeq2… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2差异表达分析简介
18
集成R脚本进行差异表达分析
集成R脚本进行差异表达分析 · 核心概念 · 实践要点
集成R脚本进行差…重点
19
可视化
热图 · 火山图生成
可视化热图
20
流程优化
缓存与中间结果管理
流程优化缓存
21
运行模式
本地 · 集群（SLURM/SGE） · 云
运行模式本地
22
使用nf-core的RNA-seq流程作为模板
使用nf-core的RNA-seq流程作… · 核心概念 · 实践要点
nf-coreRNA-seq
23
自定义流程
添加新步骤或工具
自定义流程添加新步骤或工具
24
测试与验证
使用小数据集快速验证
测试验证
25
性能调优
CPU · 内存 · I/O优化
性能调优CPU
26
可重复性
版本控制与conda环境
可重复性conda
27
报告生成
MultiQC与自定义报告
报告生成MultiQC
28
实战案例
从原始数据到差异基因列表
实战案例从原始数据到差异…
29
常见错误与排错指南
常见错误与排错指南 · 核心概念 · 实践要点
常见错误排错指南
30
总结
Nextflow在RNA-seq分析…
NextflowRNA-seq